“La nostra contribució al projecte liderat des del Laboratori d’Epigenètica Vegetal, del qual és responsable Rodrigo Hasbún, té com a principal eix proporcionar el sistema d’emmagatzematge de la informació genòmica i disposar-la com una base dades d’accés públic a la comunitat científica. Actualment estem millorant l’assemblatge de les seqüències que s’han obtingut a través de l’ús de 3 plataformes distintes de seqüenciació (Oxford Nanopore, PacBio i Illumina), així com de l’anotació dels gens, és a dir, estem actualitzant el catàleg de gens”, explica Tomás Matus, investigador Ramon i Cajal de la Universitat de València.

Araucaria araucana, comunament anomenada araucària, pewen o pi xilè, és un arbre gimnosperm de fulla perenne, originari del centre i sud de Xile i de l’oest de l’Argentina, utilitzat popularment com a arbre de jardí, que pot fer 50 metres d’alçada i viure mil anys. A causa de la prevalença d’espècies similars en la prehistòria antiga, se’n diu fòssil vivent.

Aquesta espècie està amenaçada per la disminució de la seua població a causa de la tala, els incendis forestals i el pasturatge. Les seues llavors són comestibles, semblants a pinyons grans, i són collides per pobles indígenes de l’Argentina i Xile. L’arbre té potencial per a ser un cultiu alimentari en altres àrees de climes amb estius oceànics frescos, per exemple a l’oest d’Escòcia, on altres cultius d’anous no creixen bé.

Aquesta acció ajudarà a estandarditzar protocols per a detectar i monitorar la diversitat genètica de les espècies i el seu potencial adaptatiu; i, com a segon punt essencial, servirà per a integrar el coneixement genètic i evolutiu en la planificació de la conservació. Una vegada conegut el genoma, es poden desplegar programes de monitoratge dels individus i tenir el catàleg de gens presents en aquest genoma, cosa que també pot contribuir a comprendre processos del desenvolupament com la reproducció, la resistència al canvi climàtic o a les plagues. En el projecte també ha participat l’empresa CMPC, un hòlding forestal i paperer xilè.

Tomás Matus és biòleg vegetal i doctor en Ciències de l’Agricultura (PontificiaUniversidad de Xile), interessat en l’ús d’eines genòmiques i de biologia de sistemes per a l’estudi de la regulació de xarxes de desenvolupament i metabolisme de les plantes. Ha sigut postdocal Centre d’Investigació en Genòmica (CRAG, 2008-2013, 2015-2019) i ha adquirit experiència en tecnologies òmiques per a entendre el desenvolupament de les flors en espècies model. Es va incorporar a l’I2SysBio a través d’un contracte del programa Ramón y Cajal (2019) a la Universitat de València.

Base de dades: https://tomsbiolab.com/araucariadb/

Peu de foto annex:

• Exemplars d’Araucaria araucana, espècie nativa xilena en risc d’extinció amb potencial alimentari.