Logo de la Universitat de ValènciaLogo CSIC Logo del portal

La Universitat de València i la Fundació Fisabio obtenen els primers genomes complets del virus SARS-CoV2 a Espanya

  • Unitat de Cultura Científica i de la Innovació
  • 17 de març de 2020
 

L’anàlisi genòmica ha estat duta a terme per la Unitat Mixta en Infecció i Salut Pública de la Universitat de València i la Fundació per al Foment de la Investigació Sanitària i Biomèdica de la Comunitat Valenciana Fisabio, el Grup d’Investigació en Epidemiologia Molecular, ambdós liderats per Fernando González Candelas, catedràtic de Genètica i investigador de l’Institut de Biologia Integrativa de Sistemes (I2SysBio) de la Universitat de València i del CSIC, i el Servei de Seqüenciació i Bioinformàtica de Fisabio que coordinen Giuseppe d’Auria i Llúcia Martínez.

Els equips d’investigació valencians han aconseguit seqüenciar el genoma complet de tres mostres de pacients infectats pel COVID-19 procedents del laboratori de Microbiologia del’Hospital Clínic Universitari de València, les primeres seqüències del virus SARS-CoV2 obtingudes a Espanya. Aquesta seqüenciació de genomes complets se suma a l’esforç que s’està fent a nivell mundial en tots els laboratoris per tal d’esbrinar quines han estat les vies de transmissió i com s’estenen els diferents llinatges del virus.

“L’objectiu primordial és identificar amb major fiabilitat els focus i les cadenes de transmissió del coronavirus. La principal conclusió treta de l’anàlisi de les primeres mostres és que les soques procedeixen de rutes de transmissió diferents”, explica l’investigador Fernando González Candelas.

Les seqüències ja estan accessibles en la base de dades de la Iniciativa GISAID, consorci públic dedicat a l’estudi del virus de la grip (www.gisaid.org); la plataforma Nextstrain, que permet visualitzar la progressió espacial i temporal de la pandèmia a partir dels més de 500 genomes dipositats des del passat desembre per 40 països (https://nextstrain.org); i la base de dades Genbank de seqüències genètiques del NIH (National Institutes of Health d’Estats Units) (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/)

Els grups formats per personal investigador especialista en virologia, epidemiologia i bioinformàtica ha determinat que una de les soques analitzades està relacionada amb altres soques europees (d’Itàlia, Alemanya, Luxemburg, França, Escòcia, Països Baixos, etc.). “El següent pas serà analitzar seqüències de més mostres de pacients dels hospitals de la Comunitat Valenciana per poder comprovar les vinculacions entre elles i amb les cadenes de transmissió establertes pel personal especialista en epidemiologia”, explica Fernando González.

L’anàlisi dels genomes virals permet conèixer les vies per les quals ha entrat el virus a la nostra comunitat i com es transmet en aquests moments, la qual cosa ajudarà les autoritats sanitàries a controlar molt millor l’expansió del virus en la nostra comunitat. A més, la seqüenciació del genoma del virus ens permet conèixer les mutacions que ha patit el virus des que començà l’epidèmia i la conclusió després de l’anàlisi duta a terme és que, fins ara, no s’ha trobat cap mutació associada a una major virulència, letalitat, o a alguna propietat interessant des del punt de vista clínic.

Les mostres han estat seqüenciades mitjançant MinION, un seqüenciador de tercera generació d’Oxford Nanopore Technologies. La infraestructura utilitzada en la recerca ha estat possible gràcies al cofinançament de la Unió Europea a través del Programa Operatiu del Fons Europeu de Desenvolupament Regional (FEDER) de la Comunitat Valenciana 2014-2020.

Més informació:

www.uv.es/i2sysBio

http://fisabio.san.gva.es/ca/inicio

http://www.fisabio-ngs.com/

Peus de fotografia:

1. Grup de l’equip de seqüenciació

2. Imatge d’un fragment de les seqüències del virus SARS-CoV-2 ANALITZAT. En blau s’observa una mutació del virus respecte al genoma de referència.

3. Filogènia del coronavirus SARS-CoV-2. Les fletxes assenyalen els llinatges dels rius aïllats a València.

Imatges: