Determinación de la composición de ácidos grasos celulares de cepas microbianas mediante cromatografía de gases.
La Sección de Estadística dispone de personal cualificado experto en el manejo de equipos informáticos dotados con softwares específicos. El principal software utilizado para el análisis de los datos es el software libre R.
Aplicación de métodos de inferencia filogenética molecular a datos de secuencias desde la ultrasecuenciación hasta la determinación de nuevos genomas.
Análisis genético con servidores de alto rendimiento, ordenadores asociados al servidor, software bioinformático, desarrollo de algoritmos de trabajo
Base de datos con más de 4.000 títulos en diferentes formatos (papel, pdf....) de documentos científicos (papeles, tesis, otros documentos) sobre el registro paleontológico de mamíferos fósiles del Cenozoico.
Para su explotación se cuenta con los datos diarios de la red convencional de observatorios de la Agencia Estatal de Meteorología (período 1950-2013), y los datos de las torres meteorológicas que la Unidad Mixta CEAM-UVEG dispone para los análisis climáticos. El desarrollo del software elaborado por el propio grupo de investigación permite la validación y explotación informática de la base de datos, con la realización de un amplio abanico de cálculos y análisis climatológicos.
Laboratorio equipado con material óptico dotado de equipo fotográfico, cámara de cultivo, bibliografía especializada en briología y equipo informático.
Cabina de cultivo con nivel 1 de Contención Biológica (NCB1), en invernadero tipo “venlo”, con control de temperatura, humedad relativa, ventilación, CO2, iluminación y riego a través del sistema de control y regulación integral de clima y riego Ridder Multima.
Cabina de cultivo con nivel 2 de Contención Biológica (NCB2), en invernadero tipo “venlo”, con control de temperatura, humedad relativa, ventilación, CO2, iluminación y riego a través del sistema de control y regulación integral de clima y riego Ridder Multima.
Cabina de cultivo estándar en invernadero tipo “venlo”, con control de temperatura, humedad relativa, CO2, iluminación y riego a través del sistema de control y regulación integral de clima y riego Ridder Multima.
Caracterización microbiana mediante diversas aproximaciones.
Análisis de cromosomas y fragmentos de restricción (RFLP) para identificar y tipificar levaduras, bacterias lácticas y bacterias acéticas.
Laboratorios con cámara de extracción de gases y de siembra de flujo laminar, dotados de microscopía óptica e invertida, centrífugas, espectrofotómetro, evaporador giratorio, homogeneizador de tejidos, balanzas de precisión y otros equipamientos.
Análisis cualitativo y cuantitativo de poblaciones microbianas mediante citometría de flujo
Separador Celular equipado con 6 láseres, cabina de Bioseguridad y extracción de aerosoles. Permite, en primer lugar, la medición rápida de parámetros morfológicos y funcionales de un gran número de células individuales suspendidas en medio líquido. Para ello, las células se marcan inicialmente con anticuerpos conjugados con fluorocromos, o sondas fluorescentes que se unen a proteínas ubicadas en la superficie o dentro de la célula. La luz dispersada y la fluorescencia emitida por los marcadores al pasar las células, una a una por los diferentes láseres, permite medir simultáneamente características estructurales y varios parámetros en cada una de estas células.
Además, tras el análisis, es posible separar y recoger subpoblaciones de interés de la muestra para posteriores estudios.
Citómetro analizador con 5 láseres que permite la medición rápida de parámetros morfológicos y funcionales de un gran número de células individuales suspendidas en medio líquido. Para ello, las células se marcan inicialmente con anticuerpos conjugados con fluorocromos o sondas fluorescentes que se unen a proteínas ubicadas en la superficie o dentro de la célula. La luz dispersada y la fluorescencia emitida por los marcadores al pasar las células, una a una por los diferentes láseres, permite medir simultáneamente características estructurales y varios parámetros en cada una de estas células.
Citómetro analizador con 3 láseres que permite la medición rápida de parámetros morfológicos y funcionales de un gran número de células individuales suspendidas en medio líquido. Para ello, las células se marcan inicialmente con anticuerpos conjugados con fluorocromos o sondas fluorescentes que se unen a proteínas ubicadas en la superficie o dentro de la célula. La luz dispersada y la fluorescencia emitida por los marcadores al pasar las células, una a una por los diferentes láseres, permite medir simultáneamente características estructurales y varios parámetros en cada una de estas células.
Colecciones de pliegos de algas, líquenes, hongos liquenícolas y briófitos inluidos en el herbario VAL.
Colección de bacterias y levaduras de origen enológico a disposición de las empresas y grupos de investigación, bajo licencia de utilización o acuerdos de transferencias de material biológico.
Se dispone de una colección de cepas de rotiferos caracterizados ecológicamente que puede ser utilizadas para investigación básica, centros de acuicultura y realización de ensayos de toxicidad.
Colección de comparación de microvertebrados terrestres de la Península Ibérica. El sistema se encuentra en pleno desarrollo, participando en la elaboración y actualización del mismo gran parte de los miembros del equipo investigador así como personal del departament de Zoología de la Facultat de Biologia de la UV. En estos momentos (año 2016) desarrollamos dos Trabajos Fin de Grado para la actualización de los sistemas de base de datos de este proceso, en colaboración con el Museu Valencià d'História Natural.
Se dispone de más de 10.000 muestras de parásitos (helmintos y artrópodos) de cetáceos, pinnipedos, tortugas marinas y peces del Mediterráneo, Atlántico Norte, Océano Atlántico, Pacífico, Ártico y Antártico.
Colección de bacterias patógenas y no patógenas aisladas de distintos tipos de muestras. Colección de mutantes de Vibrio vulnificus deficientes en genes de virulencia.
Control de la línea de embotellado, evaluación de su seguridad microbiológica y detección de puntos problemáticos, y en base a esto, adecuada toma de decisiones.
Cromatógrafo HPLC capilar con detección UV-vis.
Cromatógrafo HPLC, detectores UV-Vis, evaporativo (ELSD), índice de refracción.
Cromatógrafo HPLC, detectores UV-Vis, ion trap mass spectrometer.
El cromatógrafo se utiliza para la identificación de moléculas apolares y volátiles. Se trata de un equipo convencional con cuadrupolo y librería NIST que permite identificar una amplia variedad de compuestos, entre ellos hidrocarburos aromáticos policíclicos.
Cromatógrafo de gases con detector de espectrometría de masas de cuadrupolo simple, GC-MS, aplicando el análisis de compuestos volátiles.
Se trata de un equipo focalizado en la identificación de compuestos desconocidos polares. El espectrómetro de masas de alta resolución (uno orbitrap) nos permite identificar la formula molecular más probable y a continuación identificar la estructura.
Equipado con un equipo de cromatografía líquida de ultra-alta resolución (UHPLC), inyector automático para 100 muestras y espectrómetro de masas en tándem de triple cuadrupolo que se conecta por medio de una fuente de electrospray.
Cromatógrafo nano HPLC con detección UV-vis.
Cámara climatizada equipada con control de fotoperiodo, humedad y temperatura para mantenimiento y cria de insectos.
Cámara climatizada equipada con control de fotoperiodo, humedad y temperatura para mantenimiento y cría de invertebrados acuáticos
Cámaras climatizadas de grandes dimensiones donde se pueden llevar a cabo experiencias en microcosmos de gran capacidad y el cultivo y mantenimiento de poblaciones planctónicas y de macrófitos. Estas cámaras permiten controlar las condiciones de luz y temperatura del ambiente y la instalación de lámparas para obtener radiación de diferente espectro luminoso.
Poblaciones aisladas del campo o bien suministradas por colecciones de reconocido prestigio pueden ser cultivadas en nuestras cámaras con la finalidad de ser utilizadas en la investigación. Se utilizan diferentes tipos de técnicas de cultivo: individual, masivo, semicontinuo y continuo (quimiostatos).
Recurso cultivos vivos de macrófitos
Servicio de almacenamiento de material biológico en condiciones controladas.
Cámara climatizada con 12 acuarios de cristal para ensayos fundamentalmente de patología con organismos acuáticos.
Cámara que permite la experimentación con grandes acuarios y cultivos de plantas
Se trata de cámaras con temperatura y fotoperíodo regulables. Se utilizan para el crecimiento de plantas en condiciones controladas. Se dispone de tres de estas cámaras y de dos cámaras que además cuentan con control de humedad.
La UCG cuenta con cámaras térmicas que trabajan en la banda de los 8-14 micrómetros para la medida in situ de la temperatura de la superficie terrestre.
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Depósito de cepas de arqueas, bacterias, hongos filamentosos y levaduras hasta grupo de riesgo 3* de acuerdo a la definición del Real Decreto 664/1997 del 12 de mayo de 1997.
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Depósito de fagos de cepas microbianas hasta grupo de riesgo 2 de acuerdo a la definición del Real Decreto 664/1997 del 12 de mayo de 1997.
Exploración de los genomas nucleares, plastidiales y mitocondriales a fin de obtener polimorfismos (genómicos y citogenéticos) aptos para la distinción de individuos, poblaciones, unidades evolutivas y especies con fines filogenéticos, sistemáticos, conservacionistas, así como en la lucha contra el fraude alimentario y el comercio ilegal de especies sujetas a regulaciones de convenios internacionales de protección (CITES).
En colaboración con el SCSIE, cuantificamos metales en muestras biológicas, principalmente levaduras y plantas, por espectometría de masas (ICP-MS).
Software por la automatización de la optimización de las diferente variables en cromatografía líquida y gaseosa.
Laboratorio equipado con ultracongelador, equipo para estudios de biología molecular, material óptico, bibliográfico e informático.
Electroforesis capilar con detección UV-Vis y capacidad por otras técnicas de electroseparación capilar.
Electroforesis capilar con detección UV-Vis.
Ordenador conectado a lupa que permite fotografiar y captar imágenes de objetos de distinto tamaño (macro y micro) para su estudio y posteriores publicaciones. Mechero Bunsen y otros dispositivos para el correcto fotografiado mediante sombreado con cloruro amónico de los restos fósiles.
Centrifugas refrigeradas, micropipetes, lupas, PCR Lifecycler, Bombas de vacío, orbitales, campanas de extracción y flujo laminar, cubetos electroforesis, vórtice, MiniSpin, estufa, cubetos electroforesis, Qubit 2.0, NanoDrop 1000, mechero de gas, cámaras de cría de insectos con fotoperíodo, balanza, equipo de fotodocumentación, termocicladores, congeladores, neveras.
Espectrofluorimetro de alta precisión
Espectrofotometría (reflectancia, transmitancia e irradiancia) aplicada a la medición objetiva de la coloración animal.
Espectrofotómetros diode-array y lectores de placas multipocillos de fluorescencia y luminiscencia.
Elucidación estructural de moléculas pequeñas: elucidación de la conectividad, configuración estereoquímica y conformación.
Caracterización estructural de materiales en estado sólido, y de sustancias inmovilizadas sobre sólidos.
Permite analizar materiales muy diversos:
- Suelos, maderas, celulosas
- Materiales cerámicos
- Polímeros
- Polimorfos, vidrios, metales y aleaciones
- Materiales porosos, como zeolitas, aluminosilicatos
- Nanopartículas
- Estudio de complejos organometálicos en estado sólido.
Elucidación estructural de moléculas pequeñas: elucidación de la conectividad, configuración estereoquímica y conformación.
Caracterización estructural de nanopartículas, y sus interacciones con sustratos.
Estudios de movilidad y dinámica molecular.
Seguimiento de procesos químicos: cinéticas.
Determinación de procesos de asociación e interacción molecular.
Estudios a temperatura variable.
Análisis de mezclas, cuantificación e identificación de componentes.
Estudios de difusión, tamaño y movilidad molecular.
Estudio de mecanismos de reacciones químicas, caracterización de intermedios de reacción, obtención de parámetros cinéticos y termodinámicos de las reacciones.
Estudio de interacciones moleculares, determinación de procesos de asociación e interacción molecular afinidad host-guest, reconocimiento molecular enzima-sustrato.
Espectrómetro de masas de trampa iónica por infusión directa de analitos.
La UCG cuenta, entre otra instrumentación, con dos antenas receptoras de imágenes de satélite correspondientes a los satélites MSG (Meteosat Second Generation) y NOAA, así como una estación de recepción que permite la obtención de imágenes de los satélites TERRA, AQUA y NPP (www.uv.es/iplsat/).
Estufa Fría.
Instrumentos de evaluación de la personalidad, psicopatología y consumo de sustancias.
Laboratorio equipado con material óptico (lupa binocular y microscopio) dotado de equipo fotográfico digital, bibliografía especialitada.
Genotipado de organismos del plancton (SNPs, microsatélistes, RFLPs...).
3 laboratorios, 9 despachos, 12 puestos de trabajo para investigadores predoctorales, sala de servidores (6 puestos de trabajo para investigadores y 4 despachos).
Este aparato permite llevar a cabo reacciones en condiciones de flujo en procesos de hidrogenación donde el hidrógeno se genera electrolíticamente.
Laboratorio de análisis de aguas y sedimentos
Software por el análisis estadístico de fechas.
Identificación microbiana mediante secuenciación de genes esenciales.
La técnica MALDI-TOF MS permite la obtención del perfil proteico característico de una cepa microbiana a partir del análisis de sus proteínas ribosomales, principalmente.
Técnicas de intervención psicológica en materia de salud mental y consumo de drogas.
Equipamiento de biología molecular: 2 termocicladores. 1 termociclador con gradiente. Analizador de imagen para geles de agarosa. Sistema QIAxcel para análisis de ácidos nucleicos. Cabina de flujo laminar para cultivos bacterianos y trabajo con fagos. 2 contadores de colonias.
Equipamiento: 3 cabinas de flujo laminar para cultivos celulares. 3 incubadores con conexión de CO2. 1 incubador de hipoxia. Microscopio invertido. Micromanipulador. Arcón de -80ºC. Autoclave. Congelador.
Laboratorio con equipamiento básico de óptica para la investigación microscópica, equipo de captación y análisis de imágenes, y cámaras climáticas de cría de insectos.
Laboratorio con equipamiento básico de óptica para la investigación microscópica y acuaterrarios.
Laboratorio con equipamiento básico de óptica para la investigación microscópica e incubadora para el cultivo de nematodos.
Laboratorio con equipamiento básico de óptica para la investigación microscópica.
Laboratorio de andrología equipado con sistema CASA.
Laboratorio con equipamiento completo para la preparación, adquisición, separación y análisis de muestras por citometría de flujo.
Laboratorio de investigación que cuenta con una cámara de bioseguridad de nivel 2.
Laboratorio especializado para el tratamiento de restos macropaleontológicos. Habitáculo asilado y convenientemente ventilado para el procesado físico de preparación de los macrorestos. Utensilios adecuados para la preparación y siglado de las muestras.
Laboratorio altamente especializado con equipamiento de campanas y armarios ventilados para procesado de muestras en ácidos. Pilas de lavado adecuadas al tratamiento de los microfósiles. Recipientes para el tratamiento de las muestras. Estufa de secado. Separador magnético. Centrífuga
Equipamiento del Laboratorio de la Planta Experimental de Acuarios.
Laboratorio investigación.
Laboratorio para el procesado de muestras paleontológicas. El laboratorio cuenta con las instalaciones de lavado y procesado (pilas, estufas, tamices,....) para muestras pequeñas e intermedias procedentes, o bien del lavado en campo o de muestreos a pequeña escala.
Para llevar a cabo medidas automatizadas y minituarizadas, lectura rápida de placas, medida de luminescencia.
Técnica que permite la liofilización de material biológico.
La liofilización es un proceso en el que se congela el producto y posteriormente se introduce en una cámara de vacío para realizar la separación del agua por sublimación. De esta manera se elimina el agua desde el estado sólido al gaseoso del ambiente sin pasar por el estado líquido. Para acelerar el proceso se utilizan ciclos de congelación-sublimación con los que se consigue eliminar prácticamente la totalidad del agua libre contenida en el producto original, pero preservando la estructura molecular de la sustancia liofilizada.
Laboratorio equipado con material óptico dotado de equipo fotográfico, cámara de flujo laminar, bibliografía especializada en líquenes y hongos liquenícolas; equipo de TLC (comatografía en capa fina) dotado de estufa de secado, cubetas y lámpara ultravioleta y equipo informático.
Análisis microbiológico para control de la fermentación alcohólica y maloláctica. Control microbiológico del producto final. Identificación y cuantificación de microorganismos presentes en el vino. Análisis de implantación de cepas comerciales.
La CECT dispone de un catálogo público que incluye más de 8000 cepas de bacterias, arqueas, hongos filamentosos y levaduras. También dispone del Mengovirus vMCO y próximamente incorporará algunas cepas de fagos.
Cámaras y tubos de acumulación de gases para medidas experimentales, varios sistemas de medida de CO₂ y CH4 (espectroscopia de absorción, detección por infrarrojo -IRGA, semiconducción)
Selección de levaduras y bacterias Lácticas para su aplicación como cultivos iniciadores.
Microscopios y estereoscopios ópticos y de fluorescencia de investigación
Leika DMBR. Sistema de microscopia de fluorescencia de alto rendimiento (óptico) para la identificación y recuento de microorganismos mediante hibridación in situ. Determinación de la viabilidad de microorganismos mediante fluorescencia.
Microscopio electrónico de barrido con cañón de emisión de campo (FEG) con una resolución de 1.4 nm a 1 kV.
Microscopio estereoscópico.
Viabilidad de los sistemas sociales a través de modelos matemáticos.
Colección de muestras y cultivos de las diferentes especies de las aguas continentales ibéricas
Sistema nebulizador para exposición a nanopartículas por vía respiratoria.
Técnicas estándar de observación, descripción y medición del comportamiento animal.
Extracción del DNA, secuenciación del genoma (WGS), ensamblado, determinación de parámetros de calidad, análisis genómico...
Software para el análisis estadístico de fechas.
La plataforma Massarray se encarga del estudio, con fines de investigación, de muestras de tipo biológico a través del mapeado fino de secuencias de ADN, así como del análisis de fenómenos de metilación. Con este equipo se pueden analizar decenas de variantes del ADN como SNPs, inserciones o delecciones en cientos de muestras en poco tiempo con un gran grado de precisión y sensibilidad. También es posible analizar mutaciones somáticas como las presentes en muestra de origen cancerígeno. Por último, se pueden cuantificar el grado de metilación de CpG individuales en secuencias cortas de ADN de forma cuantitativa.
Galaxy Badger, UGene, Artemis: Genome Browser, ACT, ClustalX, MrBayes, Mafft, RAxML, GS De Novo Assembler, GPRo, MIRA, Velvet, AphidBase, Staden, Unix Desktop Environment Project (UDE).
La UCG cuenta con numerosos radiómetros térmicos que trabajan en la banda de los 8-14 micrómetros para la medida in situ de la temperatura de la superficie terrestre.
Actualmente se cuenta con una red de radiómetros dispuestos en parte de la red de estaciones meteorológicas de la Fundación CEAM que se encuentran en funcionamiento y distribuidas a lo largo de la geografía de la Comunidad Valenciana.
Aparato muy utilizado en reacciones térmicas, que permite acortar drásticamente los tiempos de reacción.
Capacidad para abordar la secuenciación de material genético de cualquier organismo empleando tanto técnicas tradicionales de secuenciación (método Sanger) como secuenciación de nueva generación.
Análisis de comunidades microbiológicas en el proceso de vinificación. Selección de cepas para mejorar calidad y salubridad del vino.
Planta de Acuarios de Experimentación, Microscopio electrónico de barrido, Microscopio electrónico de transmisión, Espectrometría de Masas con fuente de Plasma de Acoplamiento Inductivo (ICP-MS), Espectrometría de absorción atómica electrotérmica (ET-AAS), Secuenciación
Este servicio permite al grupo disponer de una planta de acuarios, análisis espectrometría de masas, microscopía electrónica y genómica.
Utilizado para el tratamiento espacial de la información y bases de datos en el Laboratorio de SIG de la UV. Se cuenta con el software ArcGIS que es una potente plataforma de información con aplicaciones varias para el tratamiento y diseño de todo el análisis espacial de los datos.
Equipo para la realización de ensayos de PCR digital.
Equipo para la realización de ensayos de PCR cuantitativa.
La PCR en tiempo real es una técnica que combina la amplificación y la detección en un mismo paso, al correlacionar el producto de la PCR de cada uno de los ciclos con una señal de intensidad de fluorescencia. Están compuestos por un termociclador acoplado a un sistema óptico, que monitoriza la señal de los fluoróforos usados para detectar el producto amplificado. Debido a que la fluorescencia de éstos aumenta conforme el producto se amplifica, se combinan los procesos de amplificación y detección en una sola etapa.
Plataforma para llevar a cabo estudios transcriptómicos en el campo de single cell (célula única) que permite estudiar la variabilidad transcriptómica y fenotípica entre miles de células partiendo de ARN de célula única.
Se cuenta con un sistema compuesto de varias bases de datos y aplicaciones en software libre para el análisis espacial de la relación entre distribución biogeográfica de especies de vertebrados terrestres y las variables bioclimáticas del territorio que ocupan.
Estructura de tamices de lavado-tamizado más infraestructura completa compuesta por 2 motobombas de cuatro tiempos con capacidad de bombeo de 30.000 litros de agua por hora más sistema de mangueras múltiples para el lavado-tamizado más infraestructura de dispositivos para el secado en campo de grandes muestras paleontológicas para grandes campañas.
Equipo de secuenciación masiva de DNA basado en secuenciación por síntesis, utiliza nucleótidos marcados con fluoróforos de distintos colores, y captación de imágenes de la fluorescencia emitida.
Equipo de secuenciación de alto rendimiento que permite la obtención de secuencias cortas de hasta 300 pb.
Equipo de secuenciación de alto rendimiento que permite la obtención de secuencias con una longitud promedio superior a 30 kb.
El equipo permite la obtención de secuencias de ADN por el método de Sanger y la determinación del tamaño de fragmentos.
Nueve sistemas de filtración y recirculación de agua para el mantenimiento de organismos acuáticos.
Sistemas de detección, identificación y cuantificación de microorganismos presentes en el vino durante su fermentación o embotellado. Detección e identificación de alteraciones microbianas. Análisis de implantación de cepas comerciales.
Equipo para la extracción semiautomática en fase sólida. Permite la extracción y elución simultanea de 12 cartuchos de extracción mediante un vacío convencional.
Servidores y software para la catalogación e integración espacialmente explícita de la información ambiental
La UCG cuenta con licencias de software para el procesamiento de imágenes de satélite.
Instrumentos por Biología Molecular
Análisis de datos de secuenciación genómica y proteómica, elaboración de árboles filogenéticos, programación informática, BLASTO, estudio de redes bioquímicas.
Electroforesis, PCR in situ, RT PCR, PCR cuantitativa, métodos de tinción y detección, Análisis de transferencia (western, Southern...), tecnología DNA recombinante (extracción DNA, tratamiento enzimático, transferencia DNA, ...), citometria de flujo y y "FACS" (Fluorescence-Activated Cell Sorter), amplificación genómica (WGA, whole genome amplification), Tratamiento de la muestra para microscopia óptica y electrónica, inclusión, Inmunohistoquímica, FISH.
Mantenimiento y cría de insectos, disección del sistema nervioso central de insectos.
Análisis de tablas de vida, seguimiento de dinámicas experimentales, análisis de viabilidad de poblaciones...
Método de muestreo de organismos acuáticos (plancton y carófitos) y sus formas de resistencia.
Ultracentrífuga de mesa para pequeños volúmenes.
Vehículo todoterreno Land Rover Defender con sistema de enganche para la prospección, muestreo, procesado y transporte de muestras paleontológicas en campo.
Espectrofotómetro de campo Ocean Optics USB2000 (2 unidades) Sonómetro de campo PCE-322 A Vibrómetro de campo PCE-VT 204 Microcentrífuga eppendorf, Modelo Minispin plus (13400 r.p.m.) Lectores TROVAN LID-650 para transponder de 10 dígitos (6 unidades)
Analítica de muestras de campo. Microscopio estereoscopico (2 unidades)
