Identificación microbiana mediante secuenciación de genes esenciales.

Identificación de procariotas

Una de las técnicas ampliamente utilizada para la identificación de cepas procariotas se basa en la secuenciación parcial o completa del gen 16S rRNA. Esta técnica permite la identificación de cepas como mínimo a nivel de género, y muchas veces a nivel de especie. Para ello se secuencian zonas hipervariables del gen 16S rRNA donde se acumulan la mayoría de diferencias nucleotídicas entre especies. En el caso de la secuenciación parcial se secuencian aproximadamente 1000 nucleótidos, y en el caso de la secuenciación completa aproximadamente 1500 nucleótidos.

En aquellos géneros para las que el análisis de la secuencia del gen 16S rRNA no es suficientemente resolutivo a nivel de especie se puede mejorar la identificación mediante la secuenciación de otros genes esenciales. La elección de estos genes depende del grupo microbiano al que pertenezca el aislado.  Algunos de los genes más utilizados en procariotas son: recA, gyrB, ftsZ, rpoD, mreB...

Identificación de eucariotas

La identificación de hongos filamentosos y levaduras combina técnicas fenotípicas y técnicas moleculares. Estas últimas están basadas en el análisis de diferentes regiones del DNA ribosómico: secuenciación de los dominios D1/D2 del gen 28S rRNA y la región ITS (espacios intergénicos ITS1 e ITS2 y que incluye el gen 5,8S rRNA). Adicionalmente, en función del grupo al que pertenece el microorganismo a identificar, se utiliza la secuenciación de varios genes implicados en el mantenimiento del metabolismo de la célula (β-Tubulina,  Factor de elongación de la traducción 1α, entre otros).

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