La capella universitària va ser construïda el 1498 pel cèlebre arquitecte del període gòtic valencià Pere Compte, i a ser totalment renovada el 1736 per Miguel Martínez en una variant classicista del barroc meridional.

És d’una sola nau amb volta de cinc trams, segmentada per pilastres corínties amb arcuacions als intercolumnis. El presbiteri està realçat per una airosa cúpula oval amb una clau que ostenta les armes de València, que va promoure la seua fundació. Als peus hi ha un cor alt que ocupa el primer tram.

L’altar major és una bella peça barroca de fusta daurada que emmarca la taula original renaixentista de la Mare de Déu de la Sapiència, patrona de la Universitat, que va ser pintada el 1516 per Nicolás Falcó. Està envoltat amb altres pintures barroques atribuïdes a Evaristo Muñoz (1631-1737). A les parets pengen olis dels segles XVII i XVIII que representen el judici de Salomó, la venjança de Tomiris, diversos sants que tenien relació amb la institució acadèmica valenciana i, sota la volta del cor, la Concepció Infant.

Des de la seua fundació, la capella ha estat la gran sala d’actes de la Universitat, on a més dels serveis religiosos tenien lloc les oposicions a les càtedres, la defensa de les tesis, la concessió dels graus acadèmics i especialment les sabatines, discussions escolàstiques entre professors i estudiants que podi presenciar qualsevol ciutadà.

La capella va ser completament restaurada entre 1985 i 1990. Es fa servir amb freqüència per a activitats culturals: recitals, conferències i concerts musicals.