El Departament de Química Orgànica es va crear per la Junta de Govern de la Universitat de València el 7 de juliol de 1986 i es va constituir el 22 de setembre de 1986.

El Departament va ser integrat pels professor del antics Departaments de Química Orgànica de la Facultat de Química, Facultat de Farmàcia i Col.legi Universitari de Castelló, tots els quals adscrits a l'àrea de coneixement de Química Orgànica.

A l'octubre de 1991 es va produir la segregació del Departament de Química Orgànica de la Universitat Jaume I de Castelló.