L'Institut Cavanilles de Biodiversitat i Biologia Evolutiva ha desenvolupat projectes relacionats amb l'estudi de poblacions animals i vegetals, bioindicació de les condicions ecològiques i qualitat ambiental de plantes i microinvertebrats, biotecnologia microbiana i epidemiologia molecular de virus i bacteris.
Les unitats d'investigació estan organitzats en les seccions següents: Genètica evolutiva, Limnologia, Entomologia, Ecologia evolutiva, Biologia de la conservació, Zoologia marina, Paleontologia, Ecologia de vertebrats, Bacteriologia, Etologia, Diversitat Vegetal i Ecofisiologia, Cnidaris, Neurobiologia comparada.
Unitats d'investigació:
- Biodiversitat i evolució de cnidaris
- Biodiversitat vegetal ecofisiologia
- Biologia de la conservació vegetal
- e3 (Biologia computacional)
- e3 (Ecologia evolutiva)
- e3 (Etologia)
- Ecologia i biogeografia de sistemes aquàtics
- Ecologia integrativa
- Ecologia de vertebrats terrestres
- Entomologia i control de plagues
- Evolució molecular i organísmica dels vegetals
- Limnologia
- Neurobiologia comparada
- Paleobiologia i biologia teòrica (Biologia teòrica)
- Paleobiologia i biologia teòrica (Paleobiologia)
- Zoologia marina
