Taller bioinformàtic 1: Com analitzar dades de scRNA-Seq?.
1. Ponents: Irene Soler Sáez i Fernando Gordillo Gómez. Unitat de Bioinformàtica i Bioestadística del Centre d'Investigació Príncep Felip.
2. Data: dijous 4 maig 2023, 16h-19h (3 hores).
3. Aula: 3.1
Descripció del taller.
L'aplicació de les tècniques ómiques a cèl·lules individuals permet la resolució de preguntes biològiques considerant les particularitats de cada tipus cel·lular. En aquest seminari, els assistents aprendran a realitzar una anàlisi de dades transcriptómics procedents de cèl·lules individuals (scRNA-seq). En concret, s'aprofundirà en els passos de control de qualitat, normalització, selecció de característiques altament variables, clustering, anotació dels tipus cel·lulars, i anàlisis d'expressió diferencial. El seminari presentarà un alt component pràctic, on els assistents podran executar des del seu ordinador un codi d'exemple per als passos prèviament citats. A aquest efecte, serà necessari disposar del programari R amb els següents paquets instal·lats: SingleCellExperiment, Matrix, scDblFinder, scater, scran, ggplot2, PCAtools, celldex, SingleR, uwot, MAST i data.table
Taller bioinformàtic 2: Elaboració d'informes interactius en R, per a la presentació de resultats bioinformàtics.
1. Ponents: Carla Perpiñá Clérigues i Rubén Grillo Risco. Unitat de Bioinformàtica i Bioestadística del Centre d'Investigació Príncep Felip.
2. Data: dijous 11 maig 2023, 15h-17h (2 hores)
4. Requisits per als assistents: portàtil amb programari R (indicarem els paquets necessaris per a les pràctiques).
5. Aula: 3.1
Descripció del taller.
Una presentació clara i ordenada dels resultats obtinguts en un projecte o servei és fonamental per a la comunicació i interpretació d'aquests. L'objectiu d'aquest seminari és introduir als assistents en l'ús de R Markdown, una eina molt versàtil que permet generar diferents tipus de documents. Així mateix, és fàcil d'usar, modificar i reproduir, la qual cosa es tradueix en un gran estalvi de temps per al programador. Específicament, el seminari se centrarà en la realització d'informes HTML, documents dinàmics amb un aspecte professional que ofereixen a l'usuari una experiència interactiva que facilita l'exploració de resultats.
Taller bioinformàtic 3: Anàlisi de dades lipidòmiques
1. Ponents: Carla Perpiñá Clérigues i Rubén Grillo Cingle. Unitat de Bioinformàtica i *Bioestadística del Centre d'Investigació Príncep Felip.
2. Data: dijous 11 maig 2023, *17h30-*19h30h (2 hores)
3. Requisits per als assistents: portàtil amb programari R (indicarem els paquets necessaris per a les pràctiques).
4. Aula: 3.1
Descripció del taller.
La lipidòmica està adquirint importància a causa del paper estructural dels lípids i la seua influència en els processos de senyalització i inflamació, la qual cosa proporciona noves perspectives en la investigació clínica i biomèdica. Per aquesta raó, en aquest seminari s'abordarà una estratègia bioinformàtica amb l'objectiu d'introduir als participants en aquest camp. El seminari constarà de dues parts: i) una breu introducció a la òmica i a la naturalesa de les dades, amb els seus avantatges i limitacions, i ii) la implementació d'una estratègia bioinformàtica amb un component pràctic que es durà a terme en el programari R (anàlisi exploratòria, d'abundància diferencial, anotació i enriquiment de classes). Al final del seminari, els participants tindran un coneixement pràctic i teòric de les tècniques bioinformàtiques necessàries per a dur a terme una anàlisi de lipidòmica.
Mini-CVs:
Francisco García García és llicenciat en Ciències i Tècniques Estadístiques i es va doctorar en Biomedicina i Biotecnologia en la Universitat de València. Ha desenvolupat la seua trajectòria tècnica i investigadora en diferents institucions sanitàries i durant els últims quinze anys ha format part de l'equip de l'Institut Nacional de Bioinformàtica i de la plataforma de Bioinformàtica per a les Malalties Rares, generant nous mètodes d'anàlisis d'enriquiment funcional, dissenyant i implementant eines web per a l'anàlisi de dades òmics i participant en nombroses activitats formatives en Bioinformàtica i Biologia Computacional, dirigides a professionals i estudiants universitaris. Actualment dirigeix la Unitat de Bioinformàtica i Bioestadística del Centre d'Investigació Príncep Felip. Coordinador dels tallers bioinformàtics 2023 juntament amb Vicente Arnau, professor de la UV.
Irene Soler Sáez és graduada en Bioquímica i Ciències Biomèdiques per la Universitat de València. Després de realitzar experiments des de la bancada en diferents centres d'investigació (IATA, IN, IBMCP), va decidir formar-se en bioinformàtica a través del Màster en Bioinformàtica de la Universitat de València. Des de finals de 2021, realitza la seua tesi doctoral en la Unitat de Bioinformàtica i Bioestadística del Centre d'Investigació Príncep Felip, on investiga les diferències de sexe en esclerosi múltiple mitjançant un abordatge multimic. A més, compatibilitza el desenvolupament de la tesi col·laborant amb diversos grups d'investigació, així com realitzant activitats per a enaltir la bioinformàtica en l'organització de RSG-Spain.
Rubén Grillo Risco és graduat en biologia per la Universidad de Córdoba, i compta amb un Màster en Biotecnologia especialitzat en anàlisi genètica. Va iniciar la seua formació en Bioinformàtica cursant un Diploma d'Especialització en Anàlisi Bioinformàtica en la Universitat Pablo de Olavide, per a posteriorment completar-los amb el Màster en Bioinformàtica de la Universitat de València. Des de 2019 treballa com a tècnic bioinformàtic en la Unitat de Bioinformàtica i Bioestadística del Centre d'Investigació Príncep Felip, on compatibilitza el seu doctorat amb treballs i col·laboracions amb diferents grups d'investigació.
Carla Perpiñá Clérigues és graduada en Biologia per la Universitat de València. Durant les pràctiques en un centre de fecundació in vitro i en els seus anys pel laboratori experimental en bancada (SBYBI-IATA), va descobrir el gran paper de la bioinformàtica en els diferents camps d'investigació. Va ser llavors quan va decidir cursar el Màster en Bioinformàtica de la Universitat de València. Des de finals de 2021 està realitzant la seua tesi doctoral en col·laboració amb la Facultat de Medicina de la Universitat de València i la Unitat de Bioinformàtica i Bioestadística del Centre d'Investigació Príncep Felip. La seua investigació se centra en identificar les diferències de sexe en els efectes del consum d'alcohol, utilitzant un enfocament multiòmic. A més, Carla és un membre actiu de RSG-Spain, on organitza activitats i publica en xarxes socials per a compartir la seua passió per aquesta fascinant disciplina.
Fernando Gordillo González és graduat en Biomedicina Bàsica i Experimental en la Universidad de Sevilla, on va realitzar el seu TFG en bancada sobre Alzheimer. Després d'això, va decidir ampliar la seua formació investigadora en l'àmbit de la bioinformàtica realitzant el Màster en Bioinformàtica de la Universitat de València. Gràcies a aquesta formació, va poder treballar formant part de la unitat de bioinformàtica de l'Institut de Parasitologia i Biomedicina "López-Neyra" (CSIC), fins que, a la fi de 2022 va començar la seua tesi doctoral en la caracterització de diferències de sexe en Parkinson mitjançant un abordatge multiòmic, en la Unitat de Bioinformàtica i Bioestadística del Centre d'Investigació Príncep Felip.
