Taller bioinformático 1: ¿Cómo analizar datos de scRNA-Seq?.

1. Ponentes: Irene Soler Sáez y Fernando Gordillo Gómez. Unidad de Bioinformática y Bioestadística del Centro de Investigación Príncipe Felipe.
2. Fecha: jueves 4 mayo 2023, 16h-19h (3 horas).
3. Aula: 3.1

Descripción del taller.

La aplicación de las técnicas ómicas a células individuales permite la resolución de preguntas biológicas considerando las particularidades de cada tipo celular. En este seminario, los asistentes aprenderán a realizar un análisis de datos transcriptómicos procedentes de células individuales (scRNA-seq). En concreto, se profundizará en los pasos de control de calidad, normalización, selección de características altamente variables, clustering, anotación de los tipos celulares, y análisis de expresión diferencial. El seminario presentará un alto componente práctico, donde los asistentes podrán ejecutar desde su ordenador un código de ejemplo para los pasos previamente citados. Con este fin, será necesario disponer del software R con los siguientes paquetes instalados: SingleCellExperiment, Matrix, scDblFinder, scater, scran, ggplot2, PCAtools, celldex, SingleR, uwot, MAST y data.table

Taller bioinformático 2: Elaboración de informes interactivos en R, para la presentación de resultados bioinformáticos.

1. Ponentes: Carla Perpiñá Clérigues y Rubén Grillo Risco. Unidad de Bioinformática y Bioestadística del Centro de Investigación Príncipe Felipe.
2. Fecha: jueves 11 mayo 2023, 15h-17h (2 horas)

4. Requisitos para los asistentes: portátil con software R (indicaremos los paquetes necesarios para las prácticas).
5. Aula: 3.1

Descripción del taller.

Una presentación clara y ordenada de los resultados obtenidos en un proyecto o servicio es fundamental para la comunicación e interpretación de los mismos. El objetivo de este seminario es introducir a los asistentes en el uso de R Markdown, una herramienta muy versátil que permite generar distintos tipos de documentos. Asimismo, es fácil de usar, modificar y reproducir, lo que se traduce en un gran ahorro de tiempo para el programador. Específicamente, el seminario se centrará en la realización de informes HTML, documentos dinámicos con un aspecto profesional que ofrecen al usuario una experiencia interactiva que facilita la exploración de resultados. 

Taller bioinformático 3: Análisis de datos lipidómicos.

1. Ponentes: Carla Perpiñá Clérigues y Rubén Grillo Risco. Unidad de Bioinformática y Bioestadística del Centro de Investigación Príncipe Felipe.
2. Fecha: jueves 11 mayo 2023, 17h30-19h30h (2 horas)
3. Requisitos para los asistentes: portátil con software R (indicaremos los paquetes necesarios para las prácticas).
4. Aula: 3.1

Descripción del taller.

La lipidómica está adquiriendo importancia debido al papel estructural de los lípidos y su influencia en los procesos de señalización e inflamación, lo que proporciona nuevas perspectivas en la investigación clínica y biomédica. Por esta razón, en este seminario se abordará una estrategia bioinformática con el objetivo de introducir a los participantes en este campo. El seminario constará de dos partes: i) una breve introducción a la ómica y a la naturaleza de los datos, con sus ventajas y limitaciones, y ii) la implementación de una estrategia bioinformática con un componente práctico que se llevará a cabo en el software R (análisis exploratorio, de abundancia diferencial, anotación y enriquecimiento de clases). Al final del seminario, los participantes tendrán un conocimiento práctico y teórico de las técnicas bioinformáticas necesarias para llevar a cabo un análisis de lipidómica.

Mini-CVs:

50. Francisco García García es licenciado en Ciencias y Técnicas Estadísticas y se doctoró en Biomedicina y Biotecnología en la Universidad de Valencia.  Ha desarrollado su trayectoria técnica e investigadora en diferentes instituciones sanitarias y durante los últimos quince años ha  formado parte del equipo del Instituto Nacional de Bioinformática y de la plataforma de Bioinformática para las Enfermedades Raras, generando nuevos métodos de análisis de enriquecimiento funcional,   diseñando e implementando herramientas web para el análisis de datos ómicos y  participando en numerosas actividades formativas en Bioinformática y Biología Computacional, dirigidas a profesionales y estudiantes universitarios.  Actualmente dirige la Unidad de Bioinformática y Bioestadística del Centro de Investigación Príncipe Felipe. Coordinador de los talleres bioinformáticos 2023 junto con Vicente Arnau, profesor de la UV.

50. Irene Soler Sáez es graduada en Bioquímica y Ciencias Biomédicas por la Universitat de València. Tras realizar experimentos desde la bancada en diferentes centros de investigación (IATA, IN, IBMCP), decidió formarse en bioinformática a través del Máster en Bioinformática de la Universitat de València. Desde finales de 2021, realiza su tesis doctoral en la Unidad de Bioinformática y Bioestadística del Centro de Investigación Príncipe Felipe, donde investiga las diferencias de sexo en esclerosis múltiple mediante un abordaje multiómico. Además, compatibiliza el desarrollo de la tesis colaborando con diversos grupos de investigación, así como realizando actividades para ensalzar la bioinformática en la organización de RSG-Spain.

50. Rubén Grillo Risco es graduado en biología por la Universidad de Córdoba, y cuenta con un Máster en Biotecnología especializado en análisis genético. Inició su formación en Bioinformática cursando un Diploma de Especialización en Análisis Bioinformático en la Universidad Pablo de Olavide, para posteriormente completarlos con el Máster en Bioinformática de la Universidad de Valencia. Desde 2019 trabaja como técnico bioinformático en la Unidad de Bioinformática y Bioestadística del Centro de Investigación Príncipe Felipe, donde compatibiliza su doctorado con trabajos y colaboraciones con distintos grupos de investigación.

50. Carla Perpiñá Clérigues es graduada en Biología por la Universitat de València Durante las prácticas en un centro de fecundación in vitro y en sus años por el laboratorio experimental en bancada (SBYBI-IATA), descubrió el gran papel de la bioinformática en los diferentes campos de investigación. Fue entonces cuando decidió cursar el Máster en Bioinformática de la Universidad de Valencia. Desde finales de 2021 está realizando su tesis doctoral en colaboración con la Facultad de Medicina de la Universitat de València y la Unidad de Bioinformática y Bioestadística del Centro de Investigación Príncipe Felipe. Su investigación se centra en identificar las diferencias de sexo en los efectos del consumo de alcohol, utilizando un enfoque multiómico. Además, Carla es un miembro activo de RSG-Spain, donde organiza actividades y publica en redes sociales para compartir su pasión por esta fascinante disciplina.

50. Fernando Gordillo González es graduado en Biomedicina Básica y Experimental en la Universidad de Sevilla, donde realizó su TFG en bancada sobre Alzheimer. Tras ello, decidió ampliar su formación investigadora en el ámbito de la bioinformática realizando el Máster en Bioinformática de la Universidad de Valencia. Gracias a esta formación, pudo trabajar formando parte de la unidad de bioinformática del Instituto de Parasitología y Biomedicina "López-Neyra" (CSIC), hasta que, a finales de 2022 comenzó su tesis doctoral en la caracterización de diferencias de sexo en Parkinson mediante un abordaje multiómico, en la Unidad de Bioinformática y Bioestadística del Centro de Investigación Príncipe Felipe.