Catedrático de Genética de la Universidad de Valencia desde el 16 de diciembre de 2006, donde he impartido, desde 1989, clases de Genética, Teoría de la Evolución, Genética de Poblaciones, Genética de la Conservación y Bioinformática, entre otras materias. Desarrollo mi tarea investigadora en la “Unidad Mixta de Investigación en Infección y Salud Pública FISABIO-Universidad de Valencia” de la que soy investigador responsable y donde dirijo la sección de Epidemiología Molecular. Asimismo, soy investigador principal del grupo de investigación “Evolución y Salud” integrado en el Instituto de Biología Integrativa de Sistemas (I2SysBio) del CSIC-Universidad de Valencia. Adicionalmente, estoy integrado en el Centro de Investigación Biomédica en Red de Epidemiología y Salud Pública (CIBERESP). Tengo concedidos 5 tramos de investigacin, 1 de transferencia y 6 de méritos docentes.
Mis principales lí­neas de investigación son la epidemiología molecular y evolución de poblaciones de virus; la evolución, sistemática molecular, filodinámica, filogenómica y genética de poblaciones de bacterias; y la bioinformática aplicada a la genómica evolutiva y comparada. Más allá de las líneas de investigación, me interesa desde hace mucho la traslación de la investigación en evolución a la sociedad. Por eso he dedicado, y aún lo hago hoy en día, muchos esfuerzos a compaginar el trabajo sobre cuestiones evolutivas fundamentales, como la estructura genética de las poblaciones o los mecanismos de generación y mantenimiento de variabilidad genética en las mismas, con sus aplicaciones, primero en la conservación de especies vegetales y desde hace casi 20 años en epidemiología y salud publica. He sido responsable de más de 50 proyectos y contratos de investigación habiendo formado parte de otros tantos como investigador.
Soy autor de más de 250 artículos de investigación científica, 23 capítulos de libro, 20 artículos de divulgación y de un libro de divulgación de la teoría de la evolución (“Evolución, de Darwin al genoma”, Ed. Bromera-Publicaciones Univ. Valencia, 2009) y otro sobre organismos transgénicos (“Transgénicos”, CSIC-Ed. la Catarata, 2010). He sido miembro experto de la comisión científica asesora para el estudio del brote de hepatitis C producido en 1998 en Valencia y de la Comisión Nacional de Bioseguridad (1998-2011) y soy miembro de la Comisión para el estudio de la Legionella de la Generalitat Valenciana. He elaborado más de 50 informes periciales y científicos.
He impartido docencia en programas de doctorado y postgrado tanto de mi propia universidad como de otras, como la Universidad de León (programa de doctorado en Biologí­a Molecular y Biotecnología), la Universidad de Zaragoza (programa de doctorado en Bioquímica y BiologÃía Molecular y Celular), la Universidad de La Coruña (Reconstrucción sistemática molecular), la Universidad de Barcelona (postgrado en Filogenias y Genealogí­as de DNA: Reconstrucción y Aplicaciones) y la Dirección General de Salud Pública de la Conselleria de Sanidad de la Generalitat Valenciana (Curso de Vigilancia en Salud Pública). He sido Director del Máster oficial en Biodiversidad: Conservación y Evolución de la Universitat de València. Asimismo, he participado y organizado numerosos cursos y conferencias en la Universitat d’Estiu de Gandia, la Nau dels Estudiants de la Universitat de Valéncia, la Setmana de la Ciència, la Universidad Internacional Menéndez y Pelayo y el Colegio Oficial de Biólogos de Valencia.
 

Estudió simultáneamente Biología y Filosofía en la Universidad de Valencia, obteniendo el doctorado en Biología en 1983 y el de Filosofía, con premio extraordinario, en 1988. Hizo su estancia postdoctoral en 1985-1986 con una beca Fulbright en la Universidad de California en Davis (USA), y ha sido profesor invitado en la Universidad de California en Irvine (USA) en 1988 y 1994, y en 2019 profesor en estancia sabática con beca Fulbright en la Universidad de Harvard. En 1986 creó el grupo de Genética Evolutiva en el Dpto. de Genética de la Universidad de Valencia, en la que es catedrático desde 1993. Fue director del citado Dpto. entre 1995 y 1998. Ha sido promotor del Instituto Cavanilles de Biodiversidad y Biología Evolutiva de la Universidad de Valencia y su director desde su creación en 1998 hasta 2010. También ha sido promotor del Centro de Astrobiología (INTA-CSIC) y del Centro Superior de Investigación en Salud Pública de la Conselleria de Sanidad del Gobierno Valenciano (CSISP), del que fue su director en 2012. El CSISP se integró en la Fundación Valenciana para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica de la Comunidad Valenciana, FISABIO, y fue director científico de la división FISABIO-Salud Pública durante 2013 hasta julio de 2014. Desde agosto de 2014 dirige, dentro de FISABIO, la cátedra FISABIO para el fomento de la investigación biomédica, cátedra Institucional de la Universidad de Valencia.

Es autor de unas 600 publicaciones entre artículos científicos, revisiones, capítulos de libro y libros sobre Genética, Evolución y Filosofía (20.700 citas, índice h de 74). Ha participado en varias patentes y creado una empresa spin-off. La evolución experimental de virus y la genómica y metagenómica de bacterias y comunidades microbianas representan las áreas de investigación donde ha hecho contribuciones científicas más significativas. Ha sido introductor de la genómica en España y en su grupo se secuenció el primer genoma de una bacteria, íntegramente llevado a cabo en ella. Ha realizado una amplia labor de divulgación y reflexión sobre la ciencia y publicado varios libros sobre teoría evolutiva y el alcance del pensamiento evolutivo. Actualmente centra su investigación en el campo de la simbiosis, particularmente el estudio del microbioma humano y de otros organismos bajo una perspectiva evolutiva y de biología de sistemas y sintética. Ha dirigido 35 tesis doctorales y en su grupo de investigación se han formado un gran número de científicos nacionales y extranjeros. Ha recibido financiación competitiva por parte de agencias autonómicas, nacionales, europeas e internacionales, y ha sido investigador principal de proyectos nacionales, europeos e internacionales.

Ha dado conferencias y cursos en diferentes países europeos, de Sudamérica, los Estados Unidos y Asia. Ha formado o forma parte de comisiones de agencias evaluadoras de la investigación en España, y sus comunidades autónomas, diferentes países europeos y latinoamericanos y de la Unión Europea.

Es miembro de varias sociedades científicas, fundador de la Sociedad Europea de Biología Evolutiva, de la Sociedad Española de Virología y de la Sociedad Española de Biología Evolutiva, de la que ha sido su presidente. Es editor en jefe, editor asociado o miembro del consejo editorial de varias revistas científicas y de pensamiento.

Ha recibido las siguientes distinciones: Premio Ciudad de Barcelona de Investigación Científica (1996), “Fellow” de la “American Association for the Advance of Science” (1998), Premio Diario Médico (2006), Diploma del Presidente del Gobierno Valenciano a la Excelencia en la Investigación Biomédica (2010), Premio Nacional de Genética (2012), Premio Lilly en Investigación Biomédica Preclínica (2013), Premio México de Ciencia y Tecnología (2015), Dr. Honoris Causa por la Universidad Internacional Menéndez Pelayo (2016), Consejero de la Fundación Gadea (2017), Premio Maestro Andrés Laguna (2019), Premio Alberto Sols de Investigación en Ciencias de la Salud (2022).