La Fundació General de la Universitat de València, d’acord amb el seu caràcter instrumental al servei de la Universitat de València, compleix una correcta política de transparència i bon govern, fonamentada en una sèrie de principis de bones pràctiques, els quals donen cos i contingut a la Institució i a l’activitat que aquesta desenvolupa dins de tots els seus àmbits d’actuació.
Per això, amb data 18 de desembre de 2014, el Patronat de la Fundació General de la Universitat de València va aprovar el Codi de Bon Govern i Bones Pràctiques de Gestió de l'Entitat, revisat i actualitzat mijançant acord de data 26 de març de 2019, el qual arreplega les principals recomanacions nacionals i internacionals en matèria de bon govern d’entitats sense ànim de lucre i de principis de responsabilitat social fundacional.
Són bones pràctiques el compliment de les lleis autonòmiques i estatals; la constància d’un òrgan de presa de decisions identificable, així com els seus membres; la solidesa de la seua missió i els seus objectius; la promoció de l’organització i el treball eficient i la garantia d’una comptabilitat correcta d’acord amb les normes vigents; el compliment amb la regulació sobre transparència; el seguiment i l’avaluació periòdica dels seus programes d’actuació; i la transferència de coneixements i experiències mitjançant diferents projectes i programes.