Para la realización de estos análisis, la Sección de Proteómica dispone de dos espectrómetros de masas de última generación, tims TOF fleX y tims TOF SCP (Bruker), así como de un sistema de microdisección láser PALM Micro Beam (Zeiss).
Asimismo, cuenta con flujos de trabajo específicamente optimizados para el análisis de célula única y la obtención de información mediante imagen molecular.
Con el fin de validar estos flujos de trabajo, la Sección de Proteómica del SCSIE participó en un estudio intercomparativo europeo organizado por la European Proteomics Asociation (EuPA, https://eupa.org) orientado a la estandarización y optimización de metodologías aplicadas a muestras de baja abundancia. En este contexto, los resultados obtenidos con la instrumentación disponible en el SCSIE destacaron por su elevada sensibilidad y alto número de identificaciones en los distintos rangos evaluados (1 ng, 10 ng y 100 ng). Como se puede observar en la siguiente figura el espectrómetro de masas con mayor número de identificaciones, de entre todos los testados para el análisis de muestras escasas, es el equipo tims TOF SCP de Bruker. Con dicho equipo la Sección de Proteómica del SCSIE obtuvo los mejores resultados en el rango de 100ng y el segundo en los rangos menores, de 10 y 1ng (Lab72). En la comparativa entre equipos TIMS TOF Flex nuestro laboratorio fue el que mayor número de identificaciones obtuvo en los tres rangos analizados (Lab55).
Asimismo, se evidenció una reducción significativa de contaminantes mediante la aplicación de los protocolos optimizados desarrollados en la Sección. Como se puede observar en la siguiente figura la preparación de muestras optimizada en la Sección de Proteómica del SCSIE para muestras escasas (amarillo, Lab55) lleva a un número de identificaciones equivalente al estándar testado (azul, Lab55), disminuyéndose el porcentaje de contaminantes, siendo el laboratorio con el procedimiento experimental mejor optimizado para trabajar con muestras escasas.
En la actualidad, la Sección de Proteómica del SCSIE pone a disposición de la comunidad científica un amplio conjunto de metodologías para el análisis de célula única, muestras obtenidas mediante microdisección láser y estudios de proteómica espacial basados en imagen molecular.
Los resultados mencionados han sido presentados en congresos internacionales de referencia, incluyendo EuPA y SEProt (Sociedad Española de Proteómica), en ediciones recientes.
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