Per a la realització d’aquests anàlisis, la Secció de Proteòmica disposa de dos espectròmetres de masses d’última generació, tims TOF fleX i tims TOF SCP (Bruker), així com d’un sistema de microdisecció làser PALM MicroBeam (Zeiss).
A més, compta ambfluxos de treball específicament optimitzats per al’anàlisi de cèl·lula única i l’obtenció de informació mitjançant imatge molecular.
Amb la finalitat de validar aquests fluxos de treball, la Secció de Proteòmica del SCSIE participà en un estudi intercomparatiu europeu organitzat per la European Proteomics Asociation (EuPA, https://eupa.org), orientat a la estandardització i optimització de metodologies aplicades a mostres de baixa abundància. En aquest context, els resultats obtingutsamb la instrumentaciódisponible en el SCSIE destacaren per la seua elevada sensibilitati alt nombre de identificacions en els diferents rangs avaluats (1 ng, 10 ngi 100 ng). Com es pot observar en la següent figura el espectròmetre de massesamb major nombre de identificacions, d’entre totsels testats per a l’anàlisi de mostres escasses, és l’equip tims TOF SCP de Bruker. Amb aquest equip la Secció de Proteòmica del SCSIE va obtenir els millors resultats en el rang de 100ngi el segon en els rangs menors, de 10 i 1ng (Lab72). En la comparativa entre equips TIMS TOF Flexel nostrelaboratori va ser el que major nombre de identificacions va obtenir en els tres rangs analitzats (Lab55).
Així mateix, es va posar de manifest una reducció significativa de contaminants mitjançant l’aplicació dels protocols optimitzatsdesenvolupats en la Secció.Com es pot observar en la següent figura la preparació de mostresoptimitzada en la Secció de Proteòmica del SCSIE per amostresescasses (groc, Lab55) condueix a un nombre de identificacions equivalent al estàndard testat (blau, Lab55), disminuint-se el percentatge de contaminants, essent el laboratoriamb el procediment experimental millor optimitzat per a treballar amb mostres escasses.
En la actualitat, la Secció de Proteòmica del SCSIE posa a disposició de la comunitat científica un ampli conjunt de metodologies per a l’anàlisi de cèl·lula única, mostres obtingudes mitjançantmicrodisecció làser i estudis de proteòmica espacial basats en imatge molecular.
Els resultats comentats han sigut presentats en congressos internacionals de referencia, incloent EuPA i SEProt (Sociedad Española de Proteómica), en edicions recents.
Imatges:
