Los servicios ofrecidos relacionados con el Análisis de Datos Ómicos se indican a continuación:

1. Asesoramiento y diseño experimental.

Diseño de experimentos y su metodología basándose en las muestras de las que se dispone y los datos que se puedan obtener. Integración con las distintas plataformas de análisis ómico (Genómica, Transcriptómica, Proteómica y Metabolómica).

2. Análisis computacional:

• Genómica/Transcriptómica:

Resecuenciación genómica

⦁ Análisis de datos de DNA-Seq (exomas, genomas completos y secuenciación personalizada): detección de variantes genómicas y estructurales. Identificación de SNPs e indels en el genoma completo o en regiones de interés. Evaluación del efecto de las variantes. Anotación, filtrado y estudio de asociación de variantes.

RNA-Seq

⦁ Alineamiento de lecturas y cuantificación de la expresión de genes/transcritos.
Detección de sitios de splicing,  ensamblaje de transcritos y evaluación de isoformas. Análisis del splicing alternativo. Cuantificación de la expresión génica. Análisis de expresión diferencial. Detección de transcritos de fusión. Análisis de enriquecimiento funcional.

small RNA-Seq:

⦁ Análisis de RNAs no codificantes y pequeños RNAs (small RNA-Seq):
identificación y clasificación de RNAs no codificantes. Búsquedas en bases de datos específicas (microRNAs, piRNAs, endo-siRNAs). Cuantificación, anotación de las secuencias y localización en el contexto del genoma.
⦁ Análisis miRNA: expresión diferencial, análisis de predicción de dianas,  anotación de dianas, predicción de precursores de miRNAs, identificación de isomiRs, detección de variantes en miRNAs conocidos, análisis de enriquecimiento funcional.

Single-cell

⦁ Análisis de datos de RNA-Seq de célula única: alineamiento, cuantificación, caracterización de células, reducción dimensional, clustering, visualización, expresión diferencial, etc.

Secuenciación De Novo

⦁ Ensamblaje de genomas.
⦁ Identificación y anotación funcional de genes.

Metagenómica

⦁ Análisis de datos de secuenciación de amplicones: control de calidad, asignación taxonómica, análisis de diversidad alfa y beta etc.
⦁ Metagenómica Shot-Gun.

Otros análisis:

⦁ Consultar con la sección en relación a otros análisis específicos.

• Proteómica:

Análisis estadístico avanzado:

⦁ Cálculo de FDR y q-values. Partial least squares (PLS y PLS-DA). LASSO. Elastic Net..

Análisis funcional de proteínas:

⦁ Análisis de sobrerepresentación. Análisis de enriquecimiento de conjuntos de proteínas.

Otros análisis:

⦁ Consultar con la sección en relación a otros análisis específicos.

• Metabolómica:

⦁ Procesamiento y análisis de datos: Detección. Filtrado de ruido. Normalización. Análisis multivariante.

Otros análisis:

⦁ Consultar con la sección en relación a otros análisis específicos.