Els serveis oferits relacionats amb l'Anàlisi de Dades Òmiques s'indiquen a continuació:

1. Assessorament i disseny experimental.

Disseny d'experiments i la seua metodologia basant-se en les mostres de les quals es disposa i les dades que es puguen obtindre. Integració amb les diferents plataformes d'anàlisis ómico (Genòmica, Transcriptòmica, Proteòmica i Metabolòmica).

2. Anàlisi computacional:

• Genòmica/Transcriptòmica:

Reseqüenciació genòmica

⦁ Anàlisi de dades de DNA-Seq (exomes, genomes complets i seqüenciació personalitzada): detecció de variants genòmiques i estructurals. Identificació de SNPs i indels en el genoma complet o en regions d'interés. Avaluació de l'efecte de les variants. Anotació, filtrat i estudi d'associació de variants.

RNA-Seq

⦁ Alineament de lectures i quantificació de l'expressió de gens/transcrits.
Detecció de llocs de splicing,  assemblatge de transcrits i avaluació de isoformes. Anàlisi del splicing alternatiu. Quantificació de l'expressió gènica. Anàlisi d'expressió diferencial. Detecció de transcrits de fusió. Anàlisi d'enriquiment funcional.

small RNA-Seq:

⦁ Anàlisi de RNAs no codificants i xicotets RNAs (small RNA-Seq):
identificació i classificació de RNAs no codificants. Cerques en bases de dades específiques (microRNAs, piRNAs, endo-siRNAs). Quantificació, anotació de les seqüències i localització en el context del genoma.
⦁ Anàlisi miRNA: expressió diferencial, anàlisi de predicció de dianes,  anotació de dianes, predicció de precursors de miRNAs, identificació de isomiRs, detecció de variants en miRNAs coneguts, anàlisis d'enriquiment funcional.

Single-cell

⦁ Anàlisi de dades d'RNA-Seq de cèl·lula única: alineament, quantificació, caracterització de cèl·lules, reducció dimensional, clustering, visualització, expressió diferencial, etc.

Seqüenciació De Novo

⦁ Assemblatge de genomes.
⦁ Identificació i anotació funcional de gens.

Metagenòmica

⦁ Anàlisi de dades de seqüenciació de amplicones: control de qualitat, assignació taxonòmica, anàlisi de diversitat alfa i beta etc.
⦁ Metagenòmica Shot-Gun.

Altres anàlisis:

⦁ Consultar amb la secció en relació a altres anàlisis específiques.

• Proteòmica:

Anàlisi estadística avançada:

⦁ Càlcul de FDR i q-values. Partial least squares (PLS i PLS-DONA). LASSO. Elastic Net..

Anàlisi funcional de proteïnes:

⦁ Anàlisi de sobrerepresentació. Anàlisi d'enriquiment de conjunts de proteïnes.

Altres anàlisis:

⦁ Consultar amb la secció en relació a altres anàlisis específiques.

• Metabolòmica:

⦁ Processament i anàlisi de dades: Detecció. Filtrat de soroll. Normalització. Anàlisi multivariant.

Altres anàlisis:

⦁ Consultar amb la secció en relació a altres anàlisis específiques.