La Unitat de Zoologia Marina està situada en el Parc Científic de la Universitat de València en un edifici especialment dissenyat i proveït d'instal·lacions modernes per a la realització d'estudis en els camps de la parasitologia i la biologia de la conservació.
Les instal·lacions de l'Institut Cavanilles adscrites a la Unitat de Zoologia Marina es componen de dos laboratoris equipats amb microscopis binoculars i òptics convencionals, i equipament per a histologia i anàlisi d'imatge, una aula per a seminaris que pot acomodar fins a 20 persones i una sala d'ordinadors que disposa de quatre servidors de xarxa. La unitat disposa a més d'un laboratori d'humits, equipat òptimament per a necròpsies d'animals marins, incloent-hi cetacis de grandària mitjana, i una habitació congelador de 30 m² i altres congeladors de menor grandària.
Els nostres investigadors tenen accés a les instal·lacions comunes de la Universitat de València, com a seqüenciadors d'ADN i de proteïnes, equips de microscòpia electrònica i serveis bibliogràfics que inclouen bases de dades científiques (Web of Science, Science Citation Index, Medline, Current Contents, Helminthological Abstracts i WOK) i accés en línia a més de 4.000 revistes científiques.
Destacarem que la Unitat de Zoologia Marina comparteix edifici amb una de les instal·lacions més singulars Parc Científic de la Universitat de València: la Planta Pilot d'Aquaris d'Experimentació, que és gestionada pel Servei Central de Suport a la Investigació Experimental. Aquesta planta d'aqüicultura experimental ocupa uns 500 m² i està dissenyada en tres àrees contigües que contenen, cadascuna, diferents tipus de tancs i un sistema modular per al tractament d'aigües.
Tota la instal·lació posseeix subministrament d'aigua calenta i freda, aigua de mar, aigua dolça desclorada i aigua desionitzada, un circuit de reciclatge d'aigua centralitzat i un sistema per al tractament, filtrat i esterilització dels abocaments. L'objectiu d'aquesta instal·lació singular és el de cobrir les necessitats de R+D, tant del sector acadèmic com del privat.