Desde enero de 2011 la CECT está ubicada en la planta baja del Edificio 3 CUE del Parque Científico de la Universidad de Valencia, en Paterna, a 10 Km de Valencia y ocupa una superficie de unos 677 m2.
Para cumplir con la normativa sobre bioseguridad para Centros de Recursos Microbianos cuenta con dos alas separadas, una de acceso restringido al personal de la CECT y otra de acceso abierto. En el ala restringida se encuentra el despacho de las responsables de los microorganismos, dos laboratorios (uno para Procariotas -bacterias y arqueas- y otro para Eucariotas -hongos filamentosos y levaduras-), tres salas (limpieza de material, preparación de medios de cultivo, esterilización y liofilización), cuatro cámaras frías (conservación de medios de cultivo, mantenimiento de cepas no resistentes a la liofilización o la congelación, mantenimiento de muestras recibidas para su depósito o identificación y conservación a largo plazo de microorganismos -liofilizados o en nitrógeno líquido-) y una sala refrigerada en la que se alojan los congeladores de -80°C, como método complementario/alternativo para la conservación de microorganismos, una cámara climática y parte de los servidores de la CECT. En el ala de acceso abierto hay varios despachos (dirección, administración y recepción de pedidos, personal de investigación, etc.), tres laboratorios especializados (quimiotaxonomía, técnicas moleculares, un laboratorio de microbiología general para formación y estancias cortas de investigadores invitados) y dos espacios de almacenamiento.
El método más eficaz para la conservación de microorganismos a largo plazo es la liofilización, por lo que la mayoría de las cepas que componen la colección se mantienen liofilizadas en ampollas de vidrio, protegidas de la luz en bolsas opacas de plástico negro, en una cámara climática a 10°C. Sin embargo, algunos grupos microbianos, como es el caso de determinados géneros de hongos filamentosos, no resisten dicho método, por lo que es necesario mantenerlos activos mediante resiembra periódica y almacenamiento a 4°C. Todas las cepas se mantienen también a -80°C. Además, se conserva un duplicado de la colección en formato liófilo, en el Edificio Jeroni Muñoz (aproximadamente a 1 kilómetro de distancia) en cumplimiento con las Buenas Prácticas para Centros de Recursos Microbianos.
En relación al equipamiento informático, la CECT mantiene varios servidores, que albergan la base datos de cepas y el catálogo público, el correo electrónico y el sistema de almacenamiento de los archivos compartidos. También cuenta con un servidor de biología molecular, desde donde son accesibles diversos programas de manipulación y alineamiento de secuencias u otros datos. Para garantizar la integridad de los datos, la CECT realiza copias de seguridad remotas de todos sus servidores.
