Des de gener de 2011, la CECT és a la planta baixa de l’edifici 3 CUE del Parc Científic de la Universitat de València, a Paterna, a 10 Km de València. Hi ocupa una superfície d’uns 750 m2.
Per complir amb la normativa sobre bioseguretat per a centres de recursos microbians, té dues ales separades, una d’accés restringit al personal de la CECT i una altra d’accés obert. A l’ala restringida es troba el despatx de les conservadores i hi ha dos laboratoris, un per a procariotes (bacteris i arqueus) i un altre per a eucariotes (fongs filamentosos i llevats), tres sales (neteja de material, preparació de medis de cultiu, esterilització i liofilització), quatre cambres fredes (conservació de medi de cultiu, manteniment de soques no resistents a la liofilització o la congelació, manteniment de mostres rebudes per a dipòsit o identificació i conservació a llarg termini de microorganismes, liofilitzats o en nitrogen líquid), i una sala amb diversos congeladors de -80°C com a complement o alternativa a la conservació de microorganismes. A l’ala d’accés obert hi ha diversos despatxos (direcció, administració i recepció de comandes, investigadors, etc.), quatre laboratoris especialitzats (quimiotaxonomia, tècniques moleculars, formació i microbiologia general per a estades curtes d’investigadors convidats) i una sala de documentació.
El mètode més eficaç de conservació a llarg termini és la liofilització, per la qual cosa la majoria de les soques que componen la col·lecció es mantenen liofilitzades en ampul·les de vidre, protegides de la llum en bosses opaques de plàstic negre, en una cambra climàtica a 10°C. No obstant això, alguns grups microbians, com ara el de determinats gèneres de fongs filamentosos, no resisteixen aquest mètode, per la qual cosa és necessari mantenir-los actius mitjançant resembra periòdica i emmagatzematge a 4°C. Totes les soques es mantenen a -80°C. A més, estem començant a preparar un duplicat de totes les soques de la col·lecció. Aquest duplicat es conserva en un lloc diferent (aproximadament, a un quilòmetre de distància) en compliment de les Directius per als Centres de Recursos Microbians.
En relació amb l’equipament informàtic, la CECT té diversos servidors, que alberguen, a més, el correu electrònic i els arxius compartits. També té un servidor de biologia molecular en el qual hi ha disponibles diversos programes de manipulació i alineament de seqüències o altres dades. Així mateix, té diversos servidors de còpies de seguretat per a assegurar la integritat de les dades de la resta de servidors.
