Des de gener de 2011, la CECT està situada a la planta baixa de l'Edifici 3 CUE del Parc Científic de la Universitat de València, a Paterna, a 10 km de València, i ocupa una superfície d'aproximadament 677 m2.
Per complir amb la normativa sobre biosseguretat per a Centres de Recursos Microbians, compta amb dues ales separades, una d'accés restringit al personal de la CECT i una altra d'accés obert. A l'ala restringida es troba el despatx de les responsables dels microorganismes, dos laboratoris (un per a Procariotes -bacteris i arquees- i un altre per a Eucariotes -fongs filamentosos i llevats-), tres sales (neteja de material, preparació de mitjans de cultiu, esterilització i liofilització), quatre cambres fredes (conservació de mitjans de cultiu, manteniment de soques no resistents a la liofilització o la congelació, manteniment de mostres rebudes per al seu dipòsit o identificació i conservació a llarg termini de microorganismes -liofilitzats o en nitrogen líquid-) i una sala refrigerada on s'allotgen els congeladors de -80°C, com a mètode complementari/alternatiu per a la conservació de microorganismes, una cambra climàtica i part dels servidors de la CECT. A l'ala d'accés obert hi ha diversos despatxos (direcció, administració i recepció de comandes, personal d'investigació, etc.), tres laboratoris especialitzats (quimiotaxonomia, tècniques moleculars, un laboratori de microbiologia general per a formació i estades curtes d'investigadors convidats) i dos espais d'emmagatzematge.
El mètode més eficaç per a la conservació de microorganismes a llarg termini és la liofilització, per la qual cosa la majoria de les soques que componen la col·lecció es mantenen liofilitzades en ampolles de vidre, protegides de la llum en bosses opaques de plàstic negre, en una cambra climàtica a 10°C. No obstant això, alguns grups microbians, com ara determinats gèneres de fongs filamentosos, no resisteixen aquest mètode, per la qual cosa és necessari mantenir-los actius mitjançant resembrat periòdic i emmagatzematge a 4°C. Totes les soques també es mantenen a -80°C. A més, es conserva un duplicat de la col·lecció en format liòfil, a l'Edifici Jeroni Muñoz (aproximadament a 1 quilòmetre de distància), en compliment de les Bones Pràctiques per a Centres de Recursos Microbians.
Pel que fa a l'equipament informàtic, la CECT manté diversos servidors, que allotgen la base de dades de soques i el catàleg públic, el correu electrònic i el sistema d'emmagatzematge dels arxius compartits. També compta amb un servidor de biologia molecular, des d'on són accessibles diversos programes de manipulació i alineament de seqüències o altres dades. Per garantir la integritat de les dades, la CECT realitza còpies de seguretat remotes de tots els seus servidors.
