Bioinformática Estadística. Estadística de datos ómicos

Bioinformática Estadística (Máster de Bioinformática)

Descripción

• El manual básico es tami13.pdf.
  
• Hay varios manuales de apoyo al manual básico:
  • Estadística básica
  • Probabilidad básica

Instalación

• Antes de realizar la instalación de los paquetes si trabajamos en Debian/Ubuntu hemos de ejecutar en modo administrador lo siguiente dependiendo de la distribución que tengamos instalada.

apt update  
apt upgrade  
apt install libcurl4 libcurl4-openssl-dev libssl-dev  
apt install libxml2-dev libcairo2-dev libxt-dev  
apt install markdown pandoc  
apt install sra-toolkit samtools bowtie2   
apt install libfftw3-dev  

En Ubuntu 20.04 no se encuentra el paquete sra-toolkit pero en este enlace comentan cómo instalarlo.

• AllTami.R es un script para instalar todos los paquetes necesarios con distintos niveles de instalación dependiendo del curso en que se utilice el material.

• Podemos instalar por distintos niveles. El nivel 3 instala paquetes raramente utilizados. Hemos de ejecutar en R el chunck que corresponda al nivel elegido.

• Instalación básica.

level = 1; source("http://www.uv.es/ayala/docencia/tami/AllTami.R")

• Instalación casi completa.

level = 2 ; source("http://www.uv.es/ayala/docencia/tami/AllTami.R")

• Instalación completa.

level = 3 ; source("http://www.uv.es/ayala/docencia/tami/AllTami.R")

• Para la asignatura Bioinformática Estadística del máster de Bioinformática de la Universidad de Valencia.

course  = "BE"; source("http://www.uv.es/ayala/docencia/tami/AllTami.R")

Paquetes

• He desarrollado varios paquetes de apoyo.

• Los paquetes tamidata, tamidata2, tamidata3 y tamidata4.

install.packages("http://www.uv.es/ayala/software/tamidata_0.6.tar.gz",repos= NULL,type="source")
install.packages("http://www.uv.es/ayala/software/tamidata2_0.3.tar.gz",repos= NULL,type="source")
install.packages("http://www.uv.es/ayala/software/tamidata3_0.3.tar.gz",repos= NULL,type="source")
install.packages("http://www.uv.es/ayala/software/tamidata4_0.1.tar.gz",repos= NULL,type="source")

• El paquete tami pensado para un uso básico del manual.

install.packages("http://www.uv.es/ayala/software/tami_1.0.tar.gz",repos= NULL,type="source")

Presentaciones

• Estas presentaciones corresponden con los distintos capítulos del manual.
• Tenemos la versión en html, pdf y el documento Quarto que los produce.
• En enlace directo siempre es la versión en html mientras que si hay versiones en pdf, Quarto (qmd) o R se indica.

1. Introducción

   1. Bioinformática estadística o estadística de datos ómicos pdf qmd

   2. Estadística de datos ómicos pdf qmd

2. Datos

   1. Microarray pdf qmd
      
   2. RNA-Seq pdf qmd

3. Expresión diferencial

   1. Expresion diferencial marginal pdf qmd

   2. Modelo lineal normal pdf qmd
      

   3. Modelo lineal generalizado

      • GLM pdf qmd
      • Respuesta conteo pdf qmd

   4. Comparaciones múltiples pdf qmd

   5. Microarrays

      • SAM pdf qmd
      • Limma pdf qmd

   6. RNA-Seq: expresión diferencial pdf qmd

4. Análisis de grupos de genes

   1. Grupos de genes pdf qmd

   2. Test de Fisher unilateral pdf qmd

   3. Análisis de conjuntos de genes pdf qmd

5. Estadística multivariante

   1. Componentes principales pdf qmd

   2. Análisis cluster pdf qmd

6. R

   1. Sobre qué es R pdf qmd

7. Bioconductor

   1. Sobre qué es Bioconductor pdf qmd
      
   2. Anotacion pdf qmd

8. Investigación reproducible

   1. Investigación reproducible pdf qmd
   2. Generando un informe pdf qmd

Estadística de datos ómicos (Ciencia de Datos)

Descripción

• El manual básico es edo24.pdf.
  
• AllTami.R es un script para instalar todos los paquetes necesarios.
  
• Para la asignatura de Estadística de Datos Ómicos del grado de Ciencia de Datos de la Universidad de Valencia.

course = "EDO" ; source("http://www.uv.es/ayala/docencia/tami/AllTami.R")

Paquetes

• He desarrollado varios paquetes propios de apoyo.

1. Los paquetes tamidata, tamidata2, tamidata3 y tamidata4

install.packages("http://www.uv.es/ayala/software/tamidata_0.6.tar.gz",repos= NULL,type="source")
install.packages("http://www.uv.es/ayala/software/tamidata2_0.3.tar.gz",repos= NULL,type="source")
install.packages("http://www.uv.es/ayala/software/tamidata3_0.3.tar.gz",repos= NULL,type="source")
install.packages("http://www.uv.es/ayala/software/tamidata4_0.1.tar.gz",repos= NULL,type="source")

2. El paquete tami pensado para un uso básico del manual.

install.packages("http://www.uv.es/ayala/software/tami_1.0.tar.gz",repos= NULL,type="source")

Presentaciones

• Estas presentaciones corresponden con los distintos capítulos del manual.
• Tenemos la versión en html, pdf y el documento Quarto que los produce.
• En algunos temas se incluye código adicional.
• En enlace directo siempre es la versión en html. Podemos conseguir la versión en pdf o fichero Quarto cambiando la extensión .html por .pdf o .qmd respectivamente.

1. Introducción

   1. Estadística de datos ómicos pdf qmd

2. Datos

   1. Microarray pdf qmd
   2. RNA-Seq pdf qmd

3. Estadística

   1. Modelos lineales
      • Introducción pdf qmd
        
      • Regresión lineal simple pdf qmd
        
      • Anova pdf qmd
        
   2. Modelos lineales generalizados
      • Regresión de conteos pdf qmd

4. Expresión diferencial

   1. Expresion diferencial marginal pdf qmd

   2. Comparaciones múltiples pdf qmd

   3. Microarrays: Limma pdf qmd

   4. RNA-Seq: expresión diferencial pdf qmd

5. Análisis de grupos de genes

   1. Grupos de genes pdf qmd

   2. Test de Fisher unilateral pdf qmd

   3. Análisis de conjuntos de genes pdf qmd

6. R

   1. Sobre qué es R pdf qmd

7. Bioconductor

   1. Sobre qué es Bioconductor pdf qmd
      
   2. Anotacion pdf qmd

8. Investigación reproducible

   1. Investigación reproducible pdf qmd
   2. Generando un informe pdf qmd