Els objectius principals de l'aprenentatge en el Màster en Química Orgànica són: afermar i aprofundir en diferents aspectes de la química orgànica com són: estereoquímica, reaccions pericíclicas, fotoquímica, síntesi orgànica, compostos organometálicos, catàlisi asimètrica, tècniques instrumentals, química farmacèutica i química mèdica, transformacions biosintéticas i metabòlits secundaris, química supramolecular, materials orgànics d'interès industrial, escalat de processos i química orgànica industrial. Conèixer les últimes tendències en recerca en química orgànica. Adquirir una formació pràctica d'un laboratori avançat de química orgànica, conèixer fonts d'informació bibliogràfica i bases de dades; aplicar les normes bàsiques de publicació de resultats científics, en forma d'articles, informes i Tesi de finalització de Màster.