Els orígens del Màster en Química Orgànica es troben en el Programa Oficial de Doctorat “Química Orgànica en la Indústria Químic-Farmacèutica” distingit amb la Menció de Qualitat (Ref. 2004-00280) segons Resolució de 22 de juny de 2004 (B.O.I. 5de juliol de 2014) de la Secretària d'Estat d'Universitats.

Aquest programa de doctorat va originar el Màster Universitari en Química Orgànica Experimental i Industrial que va ser aprovat pel Consell de Govern de la Universitat de València el 29 de novembre de 2005. La proposta va rebre l'informe favorable per part de la Comissió Valenciana d'Acreditació i Avaluació de la Qualitat (CVAEC) amb data 23 de gener de 2006 i va ser autoritzat per a la seua implantació segons Decret 44/2006, de 31 de març, del Consell de la Generalitat Valenciana (DOGV núm. 5233 de 04/04/2006).
Amb l'entrada en vigor del Reial decret 1393/2007, de 29 d'octubre, pel qual s'estableix l'ordenació dels ensenyaments universitaris oficials, es va presentar la memòria del Màster en Química Orgànica Experimental i Industrial per a la seua verificació pel mètode abreujat. Amb data 29 de juliol de 2009, la comissió de Verificació de Planes d'Estudi, va resoldre verificar positivament la proposta de títol de Màster Interuniversitari en Química Orgànica Experimental i Industrial coordinat per la Universitat de València. Amb data 23 de desembre de 2010 es remet nova resolució de verificació, incloent a la UB, la UPV, la UIB i laCH-CEU com a participants.

Després de l'eixida de la UB del consorci en 2015 es va replantejar l'organització acadèmica del Màster amb la finalitat de facilitar la seua gestió administrativa passant a dependre únicament de la Universitat de València. La proposta del nou Màster Universitari en Química Orgànica, adscrit a la Facultat de Química l'òrgan responsable de la qual és el Departament de Química Orgànica, va ser aprovat pel Consell de Govern de la Universitat de València el 18 de desembre de 2015 (ACGUV 297/2015), rebent l'informe favorable de ANECA el 2 de juny de 2016.