Los orígenes del Máster en Química Orgánica se encuentran en el Programa Oficial de Doctorado “Química Orgánica en la Industria Químico-Farmacéutica” distinguido con la Mención de Calidad (Ref. 2004-00280) según Resolución de 22 de junio de 2004 (B.O.E. 5de julio de 2014) de la Secretaria de Estado de Universidades.

Dicho programa de doctorado originó el Máster Universitario en Química Orgánica Experimental e Industrial que fue aprobado por el Consell de Govern de la Universitat de València el 29 de noviembre de 2005. La propuesta recibió el informe favorable por parte de la Comisión Valenciana de Acreditación y Evaluación de la Calidad (CVAEC) con fecha 23 de enero de 2006 y fue autorizado para su implantación según Decreto 44/2006, de 31 de marzo, del Consell de la Generalitat Valenciana (DOGV núm. 5233 de 04/04/2006).
Con la entrada en vigor del Real Decreto 1393/2007, de 29 de octubre, por el que se establece la ordenación de las enseñanzas universitarias oficiales, se presentó la memoria del Máster en Química Orgánica Experimental e Industrial para su verificación por el método abreviado. Con fecha 29 de julio de 2009, la comisión de Verificación de Planes de Estudio, resolvió verificar positivamente la propuesta de título de Máster Interuniversitario en Química Orgánica Experimental e Industrial coordinado por la Universidad de Valencia. Con fecha 23 de diciembre de 2010 se remite nueva resolución de verificación , incluyendo a la UB, la UPV, la UIB y la CH-CEU como participantes.

Tras la salida de la UB del consorcio en 2015 se replanteó la organización académica del Máster con el fin de facilitar su gestión administrativa pasando a depender únicamente de la Universitat de València. La propuesta del nuevo Máster Universitario en Química Orgánica, adscrito a la Facultad de Química cuyo órgano responsable es el Departamento de Química Orgánica, fue aprobado por el Consell de Govern de la Universitat de València el 18 de diciembre de 2015 (ACGUV 297/2015), recibiendo el informe favorable de ANECA el 2 de junio de 2016.