La col·laboració amb altres grups d'investigació nacional és un pilar fonamental de l'estratègia científica del CIDE i respon directament a les Accions 1 i 2 del Pla Estratègic del CIDE 2024 i 2027 (“Develop Synergistic Research Programs” y “Improve the success rate in competitive calls for national projects”). A més de les nombroses col·laboracions puntuals, s'establixen Unitats Associades d'investigació que ens permeten enfortir els nostres àmbits d'investigació i aprofitar de manera més eficaç els recursos científics entre grups d'investigació.