La Comissió Rectora està integrada pel Conseller que assumisca les competències d'Agricultura, Pesca i Alimentació de la Generalitat Valenciana o persona en qui delegue, el Conseller que assumisca les competències de Ciència i Tecnologia o persona en qui delegue, el President del CSIC o persona en qui delegue, el Rector de la Universitat de València o persona en qui delegue, la Direcció del Centre i la Vicedirecció del Centre.
Corresponen a la Comissió Rectora la superior direcció de l'actuació del Centre, informar i elevar als òrgans competents de les institucions participants en el Conveni les propostes que requerisquen la seua aprovació i aprovar el projecte de pressupost ordinari del centre, i elevar-ho als òrgans competents de les institucions cotitulars del CIDE.

La Junta del CIDE assessora i informa al Director de tots els assumptes que afecten al funcionament del centre. Està integrada pel Director, que actua com a president de la Junta; la Gerent, sense dret a vot i que exerceix de Secretària; el Vicedirector; els tres Caps de Departament i dos representants del personal.

El Claustre Científic és el fòrum de deliberació dels assumptes científics del CIDE, està presidit pel Director i constituït pel personal funcionari investigador pertanyent a cossos o escales del CSIC, de la Universitat de València i de la Generalitat Valenciana, en les quals s'exigisca per al seu ingrés el grau de doctor, i exercisquen llocs de treball en el CIDE. Així mateix són membres del Claustre Científic el personal contractat amb títol de doctor que exercisca la seua tasca investigadora en el CIDE.

La direcció del CIDE l'ostenta des de Septembre de l'any 2018, el Dr. Patricio García-Fayos Poveda. De la mateixa depèn una Vicedirecció, la Gerència, els Departaments i els Serveis de Suport a la Recerca.

La gerència del CIDE l'ostenta, des d'abril de l'any 2022, Don Fernando Puig Algarra, que realitza les funcions administratives i de gestió inherents al seu càrrec i de la qual depenen l'Administració, Secretaria i Manteniment.