La Comisión Rectora está integrada por el Conseller que asuma las competencias de Agricultura, Pesca y Alimentación de la Generalitat Valenciana o persona en quien delegue, el Conseller que asuma las competencias de Ciencia y Tecnología o persona en quien delegue, el Presidente del CSIC o persona en quien delegue, el Rector de la Universitat de Valencia o persona en quien delegue, la Dirección del Centro y la Vicedirección del Centro.
Corresponden a la Comisión Rectora la superior dirección de la actuación del Centro, informar y elevar a los órganos competentes de las instituciones participantes en el Convenio las propuestas que requieran su aprobación y aprobar el proyecto de presupuesto ordinario del centro, y elevarlo a los órganos competentes de las instituciones cotitulares del CIDE.

La Junta del CIDE asesora e informa al Director de todos los asuntos que afecten al funcionamiento del centro. Está integrada por el Director, que actúa como presidente de la Junta; la Gerente, sin derecho a voto y que ejerce de Secretaria; el Vicedirector; los tres Jefes de Departamento y dos representantes del personal.

El Claustro Científico es el foro de deliberación de los asuntos científicos del CIDE, está presidido por el Director y constituido por el personal funcionario investigador perteneciente a cuerpos o escalas del CSIC, de la Universitat de València y de la Generalitat Valenciana, en las que se exija para su ingreso el grado de doctor, y desempeñen puestos de trabajo en el CIDE. Asimismo son miembros del Claustro Científico el personal contratado con título de doctor que desempeñe su tarea investigadora en el CIDE.

La dirección del CIDE la ostenta desde Septiembre del año 2018, el Dr. Patricio García-Fayos Poveda. De la misma depende una Vicedirección, la Gerencia, los Departamentos y los Servicios de Apoyo a la Investigación.

La gerencia del CIDE la ostenta, desde abril del año 2022, Don Fernando Puig Algarra, que realiza las funciones administrativas y de gestión inherentes a su cargo y de la que dependen la Administración, Secretaría y Mantenimiento.