Dr. J. Javier Ruiz-Pernia va obtindre la llicenciatura en Química (2002) i el doctorat europeu (2007) a la Universitat de València sota la supervisió del professor Iñaki Tuñón. La seua tesi doctoral es va centrar en el desenvolupament de metodologies QM/MM i en la seua aplicació a transferències de protó i reaccions d’addició enzimàtiques.​

L’any 2007 es va traslladar a la University of Bath (Somerset, Regne Unit) per a dur a terme una estada postdoctoral sota la supervisió del professor Ian H. Williams, on el seu treball es va centrar en el càlcul mitjà d’efectes isotòpics cinètics en reaccions orgàniques i enzimàtiques mitjançant simulacions QM/MM. L’any 2010 es va incorporar, amb un contracte Juan de la Cierva, a la Universitat Jaume I de Castelló (grup Biocomp), on va estudiar l’efecte de la pressió hidrostàtica sobre les propietats mecanístiques i el paper global de l’entorn en l’evolució dels processos químics.​

L’any 2014 es va incorporar a una plaça postdoctoral a la Universidade Federal de São Carlos (UFSCar, Brasil), en el grup del professor Elson Longo, on va desenvolupar aplicacions de mètodes QM/MM per a l’estudi de la síntesi de nanomaterials. L’any 2016 es va integrar en un projecte nacional per a joves investigadors a la UJI (grup Biocomp).

Des de 2017 fins a 2021 va ser Professor Ajudant Doctor al Departament de Química Física de la Universitat de València i l’any 2021 va obtindre la plaça de Professor Titular d’Universitat dins del grup del professor Tuñón (https://www.tunonlab.com/). L’any 2025, va obtindre la plaça de Catedràtic d’Universitat en el mateix departament.