L'actual Programa de Doctorat de Neurociències de la Universitat de València (3142) resulta de l'adaptació a l'EEES del Programa de Doctorat en Neurociències de la Universitat de València, catalogat com a Programa amb Menció cap a l'Excel·lència (MEE2011-0485, segons Resolució 16518 de 6 d'octubre de 2011 de la Secretaria General d'Universitats).

L'anterior programa és el resultat de la fusió de dos programes previs de doctorat amb menció de qualitat, un interdepartamental denominat Neurociències Bàsiques i Aplicades i un altre Programa Interuniversitari, de Neurociències de les Universitats de Múrcia i València. El Programa de Doctorat de Neurociències Bàsiques i Aplicades començar el seu camí el 2001 i ha comptat amb la Menció de Qualitat del Ministeri d'Educació ininterrompudament des de 2003 (MCD 2003-00158), havent obtingut la menció de qualitat en la primera convocatòria. El programa interuniversitari de Neurociència de les Universitats de Múrcia i València va comptar amb la menció de qualitat des de la convocatòria 2003 (MCD2003-00120), tot i que la Universitat de València es va incorporar el 2005, havent-mantingut des de llavors, tot i haver quedat com a universitat única en l'últim any.

L'actual Programa ha pretès aglutinar tots els centres i grups actius i rellevants en el camp de les Neurociències de l'entorn de la ciutat de València: Universitat de València, CSIC-IBV, CIPF, IISLAFE i INCLIVA. La vocació del programa ha estat i és la transversalitat de manera que en la major part d'equips hi ha membres procedents de diferents àrees de coneixement permetent proporcionar un enfocament multidisciplinari a la seva temàtica i línia particular.