El primer objetivo general del Programa es la formación de licenciados y graduados, ingenieros superiores y profesionales en activo para que sean capaces de abordar de manera integrada el estudio de los problemas ecológicos, ecotoxicológicos y sanitarios producidos por el ser humano en el entorno natural.
También es objetivo general de este Programa ofrecer conocimientos especializados de los procesos contaminantes tanto en el medio ambiente como en los seres vivos que lo habitan para, de esta forma, poder dar respuestas a las demandas que la sociedad plantea frente a la conservación medioambiental.
Un tercer objetivo es canalizar la formación continuada de los profesionales procedentes de diferentes Grados relacionados con las Ciencias Experimentales (Ciencias del Mar, Ciencias Ambientales, Biología, Bioquímica y CC. Biomédicas, Física, Farmacia, Química, Geología, Veterinaria...) y con las Ingenierías, estableciendo una base de comunicación fluida entre titulados con distintos perfiles. 

A continuación se enumeran los objetivos específicos del Programa:

I. Dotar al estudiante de un conjunto de herramientas teórico/prácticas que le permitan conocer cómo los procesos ecológicos son afectados por la contaminación.
II. Proporcionar una visión integral de los diferentes tipos de contaminación ambiental y sus efectos sobre la salud humana.
III. Incidir sobre los mecanismos de toxicidad de los contaminantes en los seres vivos.
IV. Resaltar los mecanismos de resistencia de los seres vivos a la contaminación.
Se persigue, además, que los titulados/as adquieran autonomía para el aprendizaje y perfeccionamiento posteriores y destrezas en la evaluación y el análisis crítico de las materias y asignaturas contempladas en el Máster y de sus implicaciones sociales, y sean capaces de ejercer actividades en este ámbito mostrando iniciativa y capacidad de trabajo en equipo, capacidad de comunicación así como asimilación de las normas de la ética profesional y siempre desde el más escrupuloso respeto a los derechos fundamentales.