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Los departamentos que participan en la docencia del Máster en Física Avanzada son los Departamentos de Astronomía y Astrofísica, Física Aplicada y Electromagnetismo, Física Atómica, Molecular y Nuclear, Física Teórica, y Óptica; todos ellos de la Universitat de València. Además, también participan profesores invitados doctores del Instituto de Física Corpuscular (centro mixto Universitat de València-CSIC) y de la Fundació General de la Universitat de València. En cada curso académico, los Consejos de Departamento asignan la docencia de las asignaturas a los profesores correspondientes según los criterios que tiene establecidos para la elección de docencia.