Procedimiento para el análisis de SNPs.
1. Estudio previo de la secuencia a analizar y formalización del presupuesto
El cliente enviará por correo el nombre (según código RS) y/o la secuencia de cada uno de los SNPs a analizar. Un ejemplo de una secuencia seria:
RS2306283:
- GTACTCTGGTAATTTGGGGAAGATAATGGTGCAAATAAAGGGGAATATTTCTCTGTAT
TTCTAGGAAAAGTGAAAATATTCAGTAGATAAGCAAAATGTTTAATTCAGTGATGTTC
TTACAGTTACAGGTATTCTAAAGAAACTAATATC[A/G]ATTCATCAGAAAATTCAAC
ATCGACCTTATCCACTTGTTTAATTAATCAAATTTTATCACTCAATAGAGCATCACCT
GAGATAGTGGGAAAAGGTAAGAATTAATATTGACAGTAAAAAGTCTTCTAAAATGTAT
ACATTTAATTACATC
Donde el SNP esta rodeado por corchetes y cada genotipo posible separado por barras. En caso de una deleccion se identificaria con el signo ”-”:
- GTAGACGCT[C/-]GTACGACT
Una insercion se indicaria con:
- ATGGATG[G/GTATGT]GTACGCGT
En cualquier caso se necesitan un minimo de 100pb antes y despues de los corchetes que marcan el SNPs.Esta secuencia será analizada para diseñar unos amplicones que permitan analizar los SNPs deseados usando el progaram "Massarray Assay Design" de SEQUENOM. Al cliente se le enviará el resultado de este análisis inicial y se acordará qué SNPs se eligen para el análisis y como se agruparan. El presupuesto se elaborará en ese momento teniendo en cuenta el número de SNPs y de muestras de ADN a analizar. Una vez establecido el acuerdo, el cliente firmará el presupuesto y se cobrará el 50% de la factura correspondiente dejando el 50% restante para después de finalizar el trabajo.
2. Envío muestras de DNA
Las muestras se enviarán en Placas 96 pocillos (por ejemplo Applied Biosystems PN 4306737) tapadas con tiras de tapones (como por ejemplo Applied Biosystems PN4323032) ó films adhesivos. En el caso de gran numero de muestras es posible enviarlas en placas de 384 pocillos.
Para un proyecto típico se recomienda enviar unos 500 ng totales a una concentración de 10ng/ul mínima (ADN cuantificado por el usuario mediante técnica fluorimétrica “Picogreen” o similar). Sin embargo se puede intentar trabajar con unas concentraciones menores. El ADN enviado estará disuelto en agua.
El cliente enviará la hoja Excel (Plantilla placas 96.xls o Plantila placas 384.xls) adjunta Rellenada indicando la posición de cada muestra de ADN en la placa. Los códigos de identificación de muestra no deben contener caracteres extraños como espacios, "/","-", puntos , etc.
Procedimiento para el análisis cuantitativo del grado de metilación del ADN
Con este sistema se pueden analizar múltiples islas CpGs de hasta 600 pares de bases de longitud en una única reacción, con una precisión en el cambio de grado de metilación de hasta un 5%. La cantidad de ADN necesaria por reacción es mínima (5pg) y no requiere un tratamiento previo.
1. Estudio previo de la secuencia a analizar y formalización del presupuesto
El usuario enviará por correo la secuencia a analizar (normalmente el promotor del gen en cuestión y unos 1000pb upstream). Esta secuencia será analizada para diseñar unos amplicones que permitan analizar el máximo número posible de CpGs usando el progaram "EpiDesigner Beta" de SEQUENOM. Al cliente se le enviará el resultado de este análisis inicial y se acordará qué amplicones se eligen para el análisis. El presupuesto se elaborará en ese momento teniendo en cuenta el número de amplicones y de muestras de ADN a analizar. Una vez establecido el acuerdo, el cliente firmará el presupuesto y se cobrará el 50% de la factura correspondiente dejando el 50% restante para después de finalizar el trabajo.
2. Envío muestras de DNA
Las muestras se enviarán en Placas 96 pocillos (por ejemplo Applied Biosystems PN 43067370) tapadas con tiras de tapones (como por ejemplo Applied Biosystems PN4323032) ó films adhesivos. Para un proyecto típico se necesitan unos 2-3 ug totales a una concentración de 50ng/ul minima (DNA cuantificado por el usuario mediante técnica fluorimétrica “Picogreen”). Sin embargo se puede intentar trabajar con unas concentraciones menores. El ADN enviado estará disuelto en agua.
El cliente enviará la hoja Excel adjunta (Plantilla placas 96.xls o Plantila placas 384.xls) rellenada indicando la posición de cada muestra de ADN en la placa. Los códigos de identificación de muestra no deben contener caracteres extraños como espacios, "/","-", puntos, etc.
Procedimiento para cuantificación de la expresión de mRNAs.
1. Estudio previo de la secuencia a analizar y formalización del presupuesto
El cliente enviará por correo el nombre (según código Ensembl) cada uno de los mRNAs a analizar. Un ejemplo de una seria:
- BRAF-001 Transcript ID ENST00000288602
Este codigo será analizado para diseñar unos oligonucleótidos y competidores que permitan analizar los transcritos deseados usando el progaram "Massarray Assay Design" de SEQUENOM. Al cliente se le enviará el resultado de este análisis inicial y se acordará qué transcritos se eligen para el análisis y como se agruparan. El presupuesto se elaborará en ese momento teniendo en cuenta el número de mRNAs y de muestras de ARN a analizar. Una vez establecido el acuerdo, el cliente firmará el presupuesto y se cobrará el 50% de la factura correspondiente dejando el 50% restante para después de finalizar el trabajo.
2. Envío muestras de DNA
Las muestras se enviarán en tubos eppendorf. Para un proyecto típico se recomienda enviar 1- 2 ug de ARN a una concentración de 50ng/ul mínima (ARN cuantificado por el usuario mediante técnica fluorimétrica “Picogreen” o similar). Sin embargo se puede intentar trabajar con unas concentraciones menores. El ARN enviado estará disuelto en agua.
Los códigos de identificación de muestra no deben contener caracteres extraños como espacios, "/","-", puntos , etc.
