Se considera compensación interna la compensación económica, sin transacción monetaria, que tiene lugar cuando una unidad de gasto presta un servicio o cede un bien a otra. Se trata de operaciones simultáneas de gasto e ingreso hechas en el interior de la Universitat. Estas compensaciones internas no son procedentes en el caso de utilización de espacios para la realización de actos institucionales generales de la Universitat.

En aquellos casos en que el gasto deba ser justificado ante otras entidades que financian la actividad, las compensaciones internas solamente serán posibles cuando procedan de aquellas unidades de la Universitat de València que prestan servicios al exterior y tienen los precios establecidos en este reglamento, y, en estos casos, debe aportarse información detallada del servicio o bien cedido, juntamente con el documento de compensación interna, y justificar su necesidad para el desarrollo del proyecto.

En el caso de proyectos de investigación europeos, este tipo de coste puede ser financiable siempre que el uso esté justificado adecuadamente, se emita la factura interna donde se refleje el coste del servicio prestado y se pueda justificar que la tarifa interdepartamental aplicada no contiene margen de beneficio ni gastos indirectos. En el resto de proyectos de investigación habrá que estar a lo que dispongan las respectivas convocatorias.

La unidad que presta el servicio puede exigir la retención previa de crédito en el presupuesto de la unidad a la que prestará el servicio, y la aportación de la copia del documento RC correspondiente que lo acredita.