El uso de Big data ha supuesto un cambio cualitativo profundo para la investigación en salud. Ofrece la oportunidad de explotar décadas de datos de millones de pacientes acumulados en las bases de datos de los sistemas de salud y explotar la información disponible para tareas como identificar patrones, simular experimentos y analizar grandes volúmenes de datos personales. Esta tecnología puede suponer un cambio de paradigma para la investigación en salud y la gestión de la sanidad, pero plantea interrogantes desde el punto de vista del derecho fundamental a la protección de datos. El artículo propone un foque proactivo que concilie los intereses en presencia y contribuya al desarrollo de la investigación en salud.