HMW-nudibranch

Título: Extracción de ADN de alto peso molecular de nudibranquios

Grupo de investigación: Genómica de las Células Individuales Microbianas

En nuestro estudio anterior, descubrimos que los simbiontes bacterianos del nudibranquio Doriopsilla fulva contienen vías biosintéticas que potencialmente proporcionan defensa química a sus huéspedes. Dado que estos simbiontes eran incubables, nos propusimos producir la molécula bioactiva mediante un sistema de expresión génica heteróloga. Sin embargo, es muy común que a pesar de que el BGC sea expresado por el cultivo heterólogo, no se consiga la síntesis completa de la molécula final.

Creemos que los nudibranquios hospedadores podrían estar proporcionando algunos precursores a sus bacterias simbióticas que al final resultan en la síntesis de la molécula bioactiva. Por lo tanto, nuestro objetivo es secuenciar el genoma completo del huésped nudibranquio. El primer paso consiste en seleccionar el método más óptimo para extraer ADN de alto peso molecular de la especie de nudibranquio seleccionada. Actualmente, no existen métodos específicos para la extracción de ADN de alto peso molecular de nudibranquios. Existen pocos estudios previos que se hayan centrado en optimizar la extracción de ADN de caracoles conservados en etanol, sin embargo, el ADN extraído en estos estudios previos se ha utilizado más comúnmente para amplificar un único gen, para el que el ADN de alto peso molecular no es tan importante como en el caso de la secuenciación del genoma completo en secuenciadores de tercera generación, como PacBio. Los reactivos de extracción pueden ser inhibidos por el limo que cubre los nudibranquios, y también puede haber alguna inferencia con un alto contenido de sal. En este proyecto probaremos combinaciones de diferentes métodos de conservación y diferentes métodos de extracción de ADN para obtener una muestra de ADN con alta concentración que contenga grandes fragmentos de ADN adecuados para la secuenciación en la plataforma PacBio.

secuenciación del genoma completo, nudibranquios, animales marinos de cuerpo blando

Institut d'Estudis Catalans

I2SysBio