Dirigido a determinar relaciones filogenéticas entre microorganismos. Este estudio se puede realizar con los genes ribosomales así como con los mencionados en el apartado de secuenciación de regiones genómicas.

En todos los casos es aconsejable la utilización de diferentes métodos de reconstrucción filogenética, así como el análisis comparativo de la topología de los distintos árboles filogenéticos y el cálculo de la robustez de cada uno de ellos.

Material necesario

Secuencias en formato fasta.

Metodología

La CECT ofrece el análisis de la secuencia de una región genómica obtenida en la CECT o facilitada por el cliente en formato fasta, mediante comparación frente a las secuencias disponibles en las bases de datos públicas para las cepas tipo de los taxones próximos.

Los métodos de reconstrucción filogenética utilizados son Neighbour-joining (NJ), maximum-parsimony (MP) y maximum-likelihood (ML). El resultado obtenido con cada método se presenta en forma de árbol filogenético, donde se incluyen los valores de bootstrap obtenidos para cada árbol después de 1000 replicaciones.