El Programa de Doctorado en Biotecnología surge en el año 2006 por conversión del Programa de Doctorado "Biología Molecular y Genética" (con mención de calidad; MCD2004-00262), desarrollado por los Departamento de Bioquímica y Biología Molecular y de Genética de la Universitat de València.
Al programa de Biotecnología se incorporaron profesores de los Dptos. de Biología Vegetal, Microbiología y Ecología y del Instituto Valenciano de Infertilidad (IVI) de la Universitat de Valencia. También forman parte del mismo la mayor parte de los investigadores de los principales Institutos de Investigación en el campo de la Biología Molecular y Celular radicados en Valencia: Instituto de Biomedicina de Valencia (CSIC), Instituto de Agroquímica y Tecnología de Alimentos (CSIC), Instituto de Biología Molecular de Plantas (CSIC-UPV), Centro de Investigación Príncipe Felipe (Generalitat Valenciana, GV), Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias (GV) y del Hospital Universitario La Fe (GV). Este programa obtuvo la Mención de Calidad en el año 2006 (MDC2006-00495) y la Mención hacia la Excelencia en 2011 (MEE2011-0023).

El programa de doctorado en Bioquímica y Biomedicina es continuación del programa de doctorado en Bioquímica Clínico-Médica e Inmunología (con mención de calidad MCD2004-00415, renovada en 2008). El programa de doctorado en Bioquímica y Biomedicina cuenta con la participación de más de 50 doctores de los Departamentos de Bioquímica y Biología Molecular; Patología y Microbiología y Ecología, de la Universidad de Valencia; del Instituto de Investigaciones Biomédicas de Valencia (CSIC); del Centro de Investigación Príncipe Felipe; del Hospital Clínico Universitario, Hospital Universitario La Fe, Hospital Universitario Doctor Peset y Hospital General Universitario, todos ellos de la ciudad de Valencia y de la compañía biotecnológica Projech Science to Technology (Madrid).

Con la fusión de los programas en Bioquímica y Biomedicina y en Biotecnología se crea un nuevo programa; el Programa de Doctorado en Biomedicina y Biotecnología que pretende incluir la mayor parte de las líneas de investigación de ámbito molecular que en las áreas de la Salud, la Biotecnología y la Investigación Básica en Biología Molecular, Celular, Genética y Microbiología se llevan a cabo en Valencia. Este programa se han adscrito un importante número de investigadores universitarios y de otras instituciones) que ofrecen a los estudiantes de doctorado un amplio abanico de posibilidades para realizar su tesis doctoral en la línea de trabajo en la que han decidido iniciar su carrera investigadora.