El Programa de Doctorat en Biotecnologia sorgeix l'any 2006 per conversió del Programa de Doctorat Biologia Molecular i Genètica (amb menció de qualitat; MCD2004-00262), desenrotllat pels Departament de Bioquimica i Biologia Molecular i de Genètica de la Universitat de València.
Al programa de Biotecnologia es van incorporar professors dels Dptos. de Biologia Vegetal, Microbiologia i Ecologia i de l'Institut Valencià d'Infertilitat (IVI) de la Universitat de València. També formen part del mateix la major part dels investigadors dels principals Instituts d'Investigació en el camp de la Biologia Molecular i Cel·lular radicats a València: Institut de Biomedicina de València (CSIC), Institut d'Agroquímica i Tecnologia d'Aliments (CSIC), Institut de Biologia Molecular de Plantes (CSIC-UPV), Centre d'Investigació Príncep Felipe (Generalitat Valenciana, GV), Institut Valencià d'Investigacions Agràries (GV) i de l'Hospital Universitari La Fe (GV). Este programa va obtindre la Menció de Qualitat l'any 2006 (MDC2006-00495) i la Menció cap a l'Excel·lència en 2011 (MEE2011-0023).

El programa de doctorat en Bioquímica i Biomedicina  és continuació del programa de doctorat en Bioquímica Clínico-Mèdica i Immunologia (amb menció de qualitat MCD2004-00415, renovada en 2008). El programa de doctorat en Bioquímica i Biomedicina compta amb la participació de més de 50 doctors dels Departaments de Bioquímica i Biologia Molecular; Patologia i Microbiologia i Ecologia, de la Universitat de València; de l'Institut d'Investigacions Biomèdiques de València (CSIC); del Centre d'Investigació Príncep Felipe; de l'Hospital Clínic Universitari, Hospital Universitari La Fe, Hospital Universitari Doctor Peset i Hospital General Universitari, tots ells de la ciutat de València i de la companyia biotecnològica Projech Science to Technology (Madrid).

Amb la fusió dels programes en Bioquímica i Biomedicina i en Biotecnologia es crega un nou programa; el Programa de Doctorat en Biomedicina i Biotecnologia que pretén incloure la major part de les línies d'investigació d'àmbit molecular que en les àrees de la Salut, la Biotecnologia i la Investigació Bàsica en Biologia Molecular, Cel·lular, Genètica i Microbiologia es duen a terme a València. Este programa s'han adscrit un important nombre d'investigadors universitaris i d'altres institucions) que oferixen als estudiants de doctorat un ampli palmito de possibilitats per a realitzar la seua tesi doctoral en la línia de treball en què han decidit iniciar la seua carrera investigadora.