La nova ordenació dels ensenyaments universitaris oficials de Doctorat (Reial Decret 99/2011, de 28 de gener)  ha implicat un canvi important en l’organització d’aquests ensenyaments: Ara, els estudis de tercer cicle es focalitzen en la preparació i defensa de la tesi doctoral i les activitats formatives de recerca prèvies què es desenvolupen en el marc d’un o de diversos màsters universitaris.

Així doncs, els programes de doctorat tenen com a principal finalitat la formació avançada de l’estudiant en tècniques de recerca mitjançant un conjunt organitzat d’activitats formatives i d’investigació que, prèvia preparació i defensa d’una tesi doctoral, condueixen a l’obtenció del títol de doctor.

Els alumnes del Programa de Doctorat en Biomedicina i Biotecnologia poden realitzar el període d'investigació en algun de les entitats següents:

• Universitat de València:
  • Departament de Bioquímica i Biologia Molecular
  • Departament de Genètica
  • Departament de Biologia Vegetal
  • Departament de Microbiologia i Ecologia
  • Departament de Biologia Cel·lular i Parasitologia
• Fundación Instituto Valenciano de Infertilidad (FIVI)
• Instituto de Biomedicina de Valencia (CSIC)
• Instituto de Agroquímica y Tecnología de Alimentos (CSIC)
• Instituto de Biología Molecular y Celular de Plantas (CSIC-UPV)
• Institut Valencià d'Investigacions Agràries (GV)
• Centro de Investigación Príncipe Felipe (GV)
• IIS La Fe (GV)
• INCLIVA (GV)
• FISABIO (GV)
• Centre d'Investigació del Hospital General Universitari (GV)

A més de les col·laboracions institucionals amb els Instituts i Centres d'Investigació anteriorment mencionats, els diferents grups que integren el Programa mantenen col·laboracions amb grups d'investigació nacionals i estrangers.

Els equips d'investigació d'estos Departaments i Centres que formen part del programa compten amb laboratoris completament dotats per al desenrotllament de la labor investigadora.

Tots els grups compten actualment amb finançament a càrrec de plans europeus, nacionals i/o autonòmics.