El Grupo de Redes y Entornos Virtuales (GREV), es un grupo de investigación de la Universidad de Valencia, cuya línea de investigación principal es en torno a la computación de altas prestaciones en bioinformática.
En esta línea de investigación se centran en el desarrollo de computación de altas prestaciones, mediante el uso de arquitecturas avanzadas de computadores, para el procesamiento y análisis de metilación en datos genómicos producidos por los secuenciadores de última generación (Next-Generation Sequencing o NGS).
Han desarrollado el HPG-Msuite, un conjunto de herramientas para ayudar a los investigadores biológicos en el análisis de metilación. Su esfuerzo se ha visto reconocido, ya que los artículos donde se han publicado estas herramientas han aparecido en revistas del primer cuartil como BMC Bioinformatics.
La primera herramienta es HPG-Methyl sirve para el alineamiento de muestras de ADN contra el genoma de referencia, así como el análisis de la metilación de las mismas. Una vez hemos dado este paso nos encontramos con HPG-Hmapper, que construye un mapa de metilación de las muestras en base a los resultados de la herramienta anterior.
HPG-Dhunter es el último paso en el análisis de la metilación, y mejora el resto de herramientas. Enseña de forma gráfica donde están las diferencias de metilación de las diferentes muestras. Esto es revolucionario porque puede ayudar con investigaciones de cáncer y otras enfermedades.
Por último, esta herramienta cuenta una versión para facilitar su uso llamada HPG-Dhunter-Batch. Se trata de un servidor web conectado con el servidor de GREV, donde los investigadores pueden subir sus datos y recogerlos sin mayores complicaciones.
Link al repositorio con las herramientas: https://grev-uv.github.io/
Artículo sobre la herramienta HPG-Methyl: https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-017-1574-3
Artículo sobre la herramienta HPG-Hmapper: https://journals.sagepub.com/doi/10.1177/1094342019840792
Artículo sobre la herramienta HPG-Dhunter: https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-020-03634-y
Artículo sobre HPG-Dhunter-Batch: https://www.mdpi.com/2079-9292/10/9/1083#
