El ICBiBE es un instituto de investigación cuyo funcionamiento está regulado por los Estatutos de la Universidad de Valencia. Como centro de investigación, depende íntimamente del Vicerrectorado de Investigación. Su estructura es democrática, basada en la transparencia y cogobernanza.
El Consejo del Instituto es el órgano de máxima representación del Instituto. Esta formado por 40 miembros pertenecientes a los diferentes estamentos y se renueva cada tres años.
La Junta Permanente es un órgano delegado del Consejo, encargado de la gestión ordinaria del centro y está formado por 14 miembros.
El puesto de Director o Directora del Instituto es renovado cada seis años y elegido el Consejo del Instituto. La persona que ocupa la Secretaría del Instituto es designada por el propio Director o Directora.
