L'ICBiBE és un institut de recerca el funcionament del qual està regulat pels Estatuts de la Universitat de València. Com a centre de recerca, depèn íntimament del Vicerectorat de Recerca. La seua estructura és democràtica, basada en la transparència i cogovernança.

El Consell de l’Institut és l’òrgan de màxima representació de l’Institut. Està format per 40 membres que pertanyen als diferents estaments i es renova cada tres anys.

La Junta Permanent és un òrgan delegat del Consell, encarregat de la gestió ordinària del centre i està format per 14 membres.

El lloc de director o directora de l’Institut és renovat cada sis anys i elegit el Consell de l’Institut. La persona que ocupa la Secretaria de l’Institut és designada pel mateix Director o Directora.