- Biodiversidad del plancton dulceacuícula. Variación espacio-temporal de las comunidades planctónicas: Series temporales largas de plancton y heterogeniedad espacial de las metacomunidades. Variación de las comunidades planctónicas como efecto de los cambios globales.
- Ensamblado de las comunidades y efectos del orden de invasión sobre la estabilidad, diversidad y complejidad de la comunidad. Desensamblado de las comunidades o efecto de la pérdida de especies.
- Mecanismos de interacción entre especies en el marco de la dinámica de auto-organización del sistema. Competencia, depredación, omnivoría y alelopatía entre especies co-ocurrentes en los sistemas acuáticos.
- Estudio de las redes tróficas desde la dinámica de su topología hasta el modelo de función.
- La función del plancton y el bentos (macrófitos sumergidos) en los ciclos biogeoquímicos de los sistemas acuáticos, con especial atención al ciclo del nitrógeno. Retención y liberación de nutrientes analizado mediante técnicas con isótopos estables.
- Ecología de carófitos: diversidad, fructificaciones, factores de control, cultivo y reintroducción.