Els objectius generals del màster són els següents:

• Conéixer i comprendre la naturalesa de la biodiversitat i els seus tipus.
• Conéixer i comprendre les teories i hipòtesis més representatives sobre els processos responsables de l'origen de la biodiversitat i les seues fluctuacions, i amenaces.
• Conéixer i comprendre els mètodes i tècniques necessaris per a conservar i gestionar la biodiversitat, capacitant a els/as futurs/as professionals per a exercir la seua labor tant en organismes públics com a través de la iniciativa privada:

- Govern central, comunitats autònomes i ajuntaments

- Consells comarcals i diputacions

- Espais naturals protegits

- Jardins botànics i reserves zoològiques

- Col·leccions científiques (herbaris, col·leccions entomològiques, paleontològiques, etc.) o bancs de germoplasma

- Consultores mediambientals

- Empreses d'enginyeria

- Fundacions per a la protecció de la naturalesa

- Etc.

• Adquirir preparació per a la docència de la biodiversitat en els seus diversos aspectes: zoològic, botànic, ecològic i evolutiu per a els/as futurs/as professionals dels diversos nivells educatius, interessats/as a ampliar els seus coneixements en estos temes.
• Adquirir preparació per a iniciar-se en la investigació, tant bàsica com aplicada, sobre els diferents grups d'éssers vius, tant actuals com fòssils, així com sobre tots aquells aspectes de caràcter sistèmic i evolutiu de la biodiversitat present i passada.