Tipo: Equipo
La plataforma de Arrays, diseñado por Affymetrix, proporciona un estudio holístico de los organismos desde la perspectiva de la biología de sistemas, proporcionando una mejor comprensión de las interacciones y propiedades biológicas en su conjunto. Esta tecnología brinda la flexibilidad necesaria para estudiar un subconjunto específico de genes de interés o poder enfocar el estudio del genoma a nivel global para así comprender y definir en profundidad los mecanismos complejos y las redes que subyacen en los procesos biológicos y enfermedades.
El Servicio dispone del sistema más avanzado de microarrays diseñados por la empresa líder Affymetrix. Este sistema, denominado Genechip®, proporciona una metodología eficaz, fiable y reproducible para la obtención de la información génica.
La plataforma de arrays, de tecnología moderna y de potente instrumentación, posibilita el análisis simultáneo de miles de genes de forma cuantitativa y reproducible, ofreciendo un equilibrio óptimo de sensibilidad y especificidad para una evaluación precisa de la expresión, para cualquier número de genes en cualquier organismo modelo.
Esta plataforma integrada permite llevar a cabo una amplia gama de estudios experimentales para obtener una visión completa de los sistemas biológicos. Ofrece una gran selección de arrays para estudiar organismos desde Arabidopsis hasta Zebrafish, además de disponer de opciones personalizadas con CustomExpress para diseñar tu propio array con los parámetros y las secuencias de interés.
Los arrays se han aplicado al estudio de casi cualquier tipo de problema biológico. El número de publicaciones anuales es muy alto y continúa creciendo. Entre sus aplicaciones encontramos descubrir nuevas vías reguladoras, mecanismos de confirmación de acción, validación de dianas farmacológicas, clasificación de enfermedades, respuesta a análisis toxicológicos y desarrollo de diagnóstico.
Entre las más frecuentes, están:
- Estudio de genes que se expresan diferencialmente en condiciones diversas (sanos/enfermos, mutantes/salvajes, tratados/no tratados).
- Clasificación molecular en enfermedades complejas. Identificación de genes característicos de una patología (firma o signature).
- Predicción de respuesta a un tratamiento.
- Detección de mutaciones y polimorfismos de un único gen (SNP).
- Detección de aberraciones cromosómicas: CNV/SNPs, LOH, mosaicismo, UDP…
- Array para estudio de expresión génica tradicional mediante “3’ IVT Expression Analysis”. Para el análisis convencional de patrones de expresión.
- Array para estudio del transcriptoma completo “Gene Arrays/Clariom S” para estudios de expresión diferencial a mayor profundidad al contemplar transcritos sin extremos PolyA: lncRNA, lincRNA, etc
- Array para estudio de variantes de splicing mediante los nuevos “Clariom D/Transcriptome Array” y alternativamente con los “Exon Array”. Para estudios de niveles de expresión génica y a nivel de exones
- Array para estudio de small-RNA, para estudios de mecanismos mediados por miRNAs, pre-miRNA, snoRNA, scaRNA.
- Array para mapeo transcriptómico “Whole Genome Arrays” que cubren todo el genoma: estudio de expresión génica, splicing alternativo, miRNA….
- Array para estudio de interacciones ADN/proteína (ChIP-on-Chip) con distintos tipos de arrays de cobertura total (Tiling Array). Promotores.
- Array para estudio de citogenética molecular con alta sensibilidad, especificidad y resolución para la identificación de aberraciones cromosómicas en el control de calidad de líneas celulares (stem cell incl.), estudios prenatales, células tumorales, … en la detección de anormalidades, aberraciones submicroscópicas, pérdidas/ausencia de heterocigosidad, ganancias y pérdidas, disomías uniparentales y mosaicos.
El usuario interesado puede ponerse en contacto con el personal del Servicio para solicitar información y/o presupuesto. El presupuesto siempre debe estar firmado por ambas partes, tanto por el responsable del proyecto como por el Coordinador/a de la UCIM.
Una vez aceptado el presupuesto, el usuario proporcionará las muestras* para el estudio seleccionado.
*Recomendaciones para las muestras:
- 3 réplicas por condición experimental
- Recomendable, para cualquier kit de extracción, eluir la muestra (RNA/DNA) en agua libre de nucleasas.
- La concentración de la muestra necesaria dependerá del protocolo. No existe ningún inconveniente en el envío de más cantidad de muestra o más concentrada, ya que el Servicio podrá normalizar las muestras antes del inicio del protocolo.
- El usuario proporcionará la muestra con alta calidad y pureza. Antes del inicio del estudio, se realizará a las muestras seleccionadas, los controles de calidad correspondientes. Se informará al usuario de aquellas que no reúnan del mínimo de calidad para buscar posibles alternativas y/o soluciones.
- El volumen de muestra sobrante tras la realización del estudio podrá ser devuelto al usuario si así lo solicita.
- Respecto al envío de muestras, deberán estar bien etiquetadas e identificadas, y acompañadas por una hoja explicativa donde se describan los datos de las muestras.
- Las muestras de RNA/DNA se enviarán congeladas en nieve carbónica en tubos de 1,5 mL en agua libre de nucleasas.
La entrega de resultados se realizará por vía email, mediante un enlace de descarga, en el plazo indicado. O mediante la opción elegida por ambas partes.
Tras la recepción de los resultados, el usuario deberá firmar un documento facilitado por el Servicio como confirmación de la recepción de dichos resultados.
- Portero Trigo, Jesica Maria
- PIT-Investigacio Escala Tecnica Superior
