El microscopio confocal nos permite visualizar muestras con distintos marcajes fluorescentes obteniendo imágenes de gran nitidez y calidad debido a que la imagen obtenida no está contaminada por la luz emitida fuera del plano focal. Gracias a esta característica de confocalidad, nos permite realizar reconstrucciones tridimensionales a partir de secciones ópticas.
El microscopio de campo claro nos permite visualizar muestras teñidas o con pigmentos naturales que resultan altamente contrastadas. La fuente de iluminación es la luz blanca. Los componentes de la muestra se visualizan gracias a las diferencias de contraste que existen entre ellos y el medio que los rodea.
La variedad de proteínas fluorescentes y sondas multicolor que se han desarrollado, permiten marcar prácticamente cualquier molécula. La capacidad de visualizar dinámicas proteicas en vesículas, orgánulos, células y tejidos ha proporcionado nueva información sobre el funcionamiento de las células tanto en situaciones de salud como de enfermedad. Esta información incluye la dinámica espacio-temporal de procesos, como la mitosis; estudios en la dinámica de iones, como el Ca+₂ y los cambios en el citoesqueleto.
La fluorescencia es uno de los fenómenos físicos más utilizados en microscopía biológica y analítica, sobre todo por su alto grado de sensibilidad y especificidad. La microscopía de fluorescencia permite a los usuarios determinar la distribución de una sola molécula, su cantidad y su ubicación dentro de una célula.
Los microscopios de fluorescencia que se emplean en aplicaciones de investigación se basan en una serie de filtros ópticos. Los filtros suelen estar insertados en un bloque de filtros. Mientras que el filtro de excitación selecciona las longitudes de onda que excitan un fluoróforo concreto dentro de la muestra, el filtro de emisión actúa como una especie de control de calidad, ya que solo permite pasar las longitudes de onda de interés emitidas por el fluoróforo.
