La secuenciación completa del genoma es una técnica cada vez más utilizada en taxonomía. La secuencia genómica de una cepa (completa o borrador) hace posible el estudio y caracterización del microorganismo mediante el análisis genómico (anotación de genes, detección de islas genómicas, etc.). Pero además permite hacer estudios de inferencia fenotípica para establecer correspondencias entre las secuencias genómicas observadas y los caracteres fenotípicos de la cepa.

Además, con la secuenciación genómica se pueden obtener datos genómicos útiles en taxonomía, como el Average Nucleotide Identity (ANI) o la Hibridación DNA-DNA estimada in silico (eDDH).

Material necesario

Preferentemente, un cultivo activo de la cepa (placa Petri o tubo de agar inclinado).

Si el cliente lo prefiere también se puede trabajar con el DNA genómico de la cepa. En ese caso, el DNA genómico debe ser enviado en frío y ser de buena calidad (A260/A280 entre 1,8 y 2). Se necesitan más de 2 microgramos de DNA a concentración 40 ng/µl resuspendido en agua ultrapura o en tampón TE.

Metodología

En la CECT la secuenciación completa del genoma se obtiene mediante secuenciación masiva (NGS) utilizando la plataforma MiSeq de Illumina.

Dependiendo del número de cepas que se quieren secuenciar y el tamaño del genoma de cada una de ellas, se pueden optimizar los costes (ver tarifas).

El solicitante recibe los ficheros obtenidos con las secuencias crudas.

El análisis posterior (ensamblado, anotación, cálculo de índices) no está incluido en el servicio de secuenciación si bien se puede solicitar por separado.