Aquesta tesi doctoral, dirigida per Carlos Peña-Garay, proposa nous mètodes computacionals per a estudiarla dinàmica de les comunitats de microorganismes. Els resultats de la tesi han estat publicatsen revistes com “Methods in Molecular Biology” o “Biofilms and Microbiomes”. La tesi fou defensada el passat 29 de març de 2019 i va rebre la qualificació d’Excel·lent.
Els mètodes d’anàlisi de microbiomes independents de cultiu estan revolucionant la biologia. Ja siga en una mostra clínica o ambiental, la metagenòmica pot revelar quins microorganismes existeixen i què és el que realment fan. La metagenòmica és una eina poderosa per a l'estudi de les comunitats microbianes, però requereix mètodes d'anàlisi igualment poderosos. Els desafiaments actuals en l'anàlisi de les dades metagenòmiques inclouen la comparació precisa de les mostres, l'estimació de la incertesa dels resultats i l'eliminació efectiva de la contaminació. Com més escassos són els microbis en un ambient, més essencial és tenir solucions per a aquests problemes. Exemples de nínxols amb pocs microbis són no només d'hàbitats oligotròfics sinó també molts teixits i fluids corporals.
La investigació doctoral de José Manuel Martí implementa un enfocament nou de la dinàmica de les comunitats microbianes estudiades per metagenòmica. Això s'ha aconseguit mitjançant el desenvolupament de noves tècniques en el camp de la microbiologia computacional, amb el suport de mètodes estadístics, matemàtics i de computació paral·lela. Aquesta estratègia es va utilitzar per analitzar dades clíniques i ambientals metageòmiques longitudinals. En eliminar múltiples tipus de contaminació i proporcionar nivells de confiança per als resultats, J. M. Martí finalment va poder revelar la dinàmica de les comunitats microbianes d'una manera eficient i robusta.
J. M. Martí domina diferents "llenguatges" de ciència i enginyeria, ja que la seua educació prèvia va des d'una llicenciatura en electrònica fins a un màster en astrofísica. Coincidint amb la creació de l'Institut de Biologia Integrativa de Sistemes I2SysBio (centre mixt Universitat de València-CSIC), va passar del programa de doctorat en Física Teòrica al de Biodiversitat i Biologia Evolutiva de la Universitat de València. La seua recerca doctoral ha estat supervisada per C. Peña-Garay (científic del CSIC en el Programa de Biologia Teòrica i Computacional de l'I2SysBio), actual director del Laboratori Subterrani de Canfranc.
El tribunal, que va qualificar la tesi com "Excel·lent", estava configurat per José Luis García (professor d'investigació del CSIC i director del I2SysBio), Fàtima Al-Shahrour (Centre Nacional d'Investigacions Oncològiques CNIO en Madrid) i José C. Nacher (Facultat de Ciències, Universitat de Toho, Japó).
