La segona versió de l'Escola de capacitació METHADA 2020 -eHandsOn - Maneig de metadades transcriptòmics i anàlisi de dades, es durà a terme de l'1 al 4 de Desembre. José Tomás Matus és un dels organitzadors de l'esdeveniment i també un dels ponents. Aquesta vegada el curs compta amb la presència de més de 100 observadors de tot el món.
Després de l'èxit de la Primera Versió de METHADA, celebrat en l’I2SysBio al febrer de 2020 i amb representació de més de 10 països Europeus, es durà a terme la seua segona versió en format online.
L'auge de les últimes tecnologies que combinen física, òptica, química i la seua aplicació a la biologia molecular ha portat a experiments d'alt rendiment, produint una explosió de dades disponibles públicament. Aquestes dades van des de la seqüenciació de pròxima generació (NGS) fins a transcriptòmica, fenòmica, metabolòmica i dades de cèl·lules individuals a gran escala.
En el cas de la transcriptòmica, que genera fins hui la major quantitat de dades en comparació amb uns altres òmics, els protocols per a l'enviament de dades no estan completament estandarditzats per a les dades de la vinya i no estan controlats per la comunitat d'investigació. Els conjunts de dades d'expressió gènica públics disponibles tenen un vertader potencial ocult a la llum del reanálisi i integració de dades. En línia amb els principis FAIR (Finible, Accessible, Interoperable, Reutilitzable), el nostre pròxim desafiament com a comunitat es basa en la mostra correcta i les anotacions experimentals, utilitzant vocabularis controlats per a garantir tant la llegibilitat humana com la traçabilitat computacional.
Aquest curs de capacitació on-line aborda el maneig i anàlisi de dades de transcriptòmica, i està organitzada en tres mòduls. En la primera unitat, els alumnes treballaran per a aprendre a anotar correctament els experiments i manejar metadades per a estandarditzar la pujada d'experiments a repositoris públics (com per exemple SRA i ENA). En segon lloc, els assistents rebran capacitació en l'ús de la plataforma A.I.R. ('Artificial Intelligence RNA-seq', de Sequentia Biotech S.L.) per al maneig de dades transcriptòmics, inclosos els recursos disponibles gratuïtament per a la comunitat de la vinya. Finalment, els estudiants aprendran a usar la plataforma GREAT (GRapevine Expression Atles) per a l'anàlisi de dades transcriptòmics públics de la vinya.
És possible participar com a oïdor del curs accedint açi.
