El TFM consisteix en l'elaboració per cada estudiant d'un treball individual d'investigació. Per a això l'estudiant comptarà amb la direcció d'un tutor o tutora, elegit entre el professorat del Màster i nomenat per la Comissió Acadèmica.

A través del treball s'espera que els i les estudiants completin l'especialització adquirida al llarg del Màster, i que puguin posar en pràctica els recursos metodològics, tècnics i interpretatius propis de la Història Moderna. Per això, els i les estudiants, amb la guia del seu tutor o tutora, treballaran al llarg de tot el curs amb fonts documentals, d'arxiu i bibliogràfiques.

El TFM tractarà sobre un tema relacionat amb l'estudi de la història i de les identitats al Mediterrani occidental en l'Edat Moderna, enfocat cap a qualsevol dels àmbits analitzats en el Màster. L'estudiant, d'acord amb el professor tutor, podrà definir el tema que millor s'adapti als seus interessos i expectatives. El tema ha de ser aprovat per la Comissió Acadèmica del Màster. Es preveu que el TFM tingui una extensió mínima de 50 pàgines (2.100 caràcters per pàgina), més aquells annexos que es considerin oportuns (documents, cartografia, taules, gràfiques, imatges, etc.). Per poder presentar el TFM cal haver superat el mòdul bàsic i el complementari, i que el treball compti amb el vistiplau del tutor. Un cop reunits aquests requisits, es realitzarà l'exposició i defensa pública del TFM, davant d'una comissió integrada per tres professors del Màster designats, per a això, per la Comissió Acadèmica, segons la forma i els terminis regulats per la Universitat.