Josep San Ruperto és llicenciat en Història per la Universitat de València (2012) i doctor en Història Moderna (2017) amb la tesi "Emprenedors Transnacionals. Les trajectòries econòmiques i socials dels Cernezzi i Odescalchi a la Mediterrània occidental (ca. 1580-1689)”, premiada per la Fundació Noguera i publicada en 2019. Compta amb diferents estades internacionals a centres de recerca com l’European Univesity Institute, La Sapienza. Università di Romai la University of Exeter. Durant la seua formació predoctoral i postdoctoral ha participat de diferents Projectes de Recerca finançats pel Ministeri d'Economia i Competitivitat.

Ha indagat en la circulació de persones i objectes durant el procés de la primera globalització, amb especial atenció a les pràctiques socials i culturals des del marc de la renovació historiogràfica de la història global i transnacional. Les seues contribucions han dialogat amb el redimensionament d’estudis sobre el Mediterrani del segle XVII i la concepció del procés de mundialització, desbordant els paradigmes d’interpretació estructuralistes i analitzant contextos d’oportunitat i resiliència en moments de crisi i dificultats a través del subjectes, les comunitats “nacionals” i la superació de fronteres polítiques i imaginades.

Actualment, una de les seues principals línies de recerca resideix en la inclusió de la història de les emocions, de gènere i la història cultural per a comprendre la primera globalització, amb un projecte interdisciplinari entre història i literatura en el qual presta especial atenció a les qüestions de gènere dels autors de viatges globales i de les seues trobades. Preten comprendre de quina forma van servir els testimonis del passat en els discursos que enalteixen la cultura política i mercantil global i quina importància van tenir aquestes obres en la configuració d’alteritats (de gènere, racials, nacionals) formulades en una era de connexions.

Participa com a membre del grup d'investigació del projecte EMODER. Emociones de la Modernidad. Sentidos y significados globales a través del género, el imperio y la nación (ss. XVII-XIX), finançat per Conselleria d’Educació, Universitats y Ocupació (CIGE 2022/103 www.emoderuv.com ); així com del projecte "Ganar y perder en las sociedades de los territorios hispánicos del Mediterráneo occidental durante la Edad Moderna (WINLOSE)", finançat pel Ministeri de Ciència i Innovació (PID 2022-142050NB-C21).