El Departament de Qualitat Ambiental i Sòls resulta de la fusió dels Departaments de Degradació i Conservació de Sòls i de Planificació Territorial, aprovada en Junta de Centre el 15 d'octubre de 2018 (estructura pendent d'aprovació i formalització en el Conveni).

En l'actualitat, les seues línies d'investigació se centren en aprofundir en el coneixement, avaluació i seguiment de la qualitat ambiental del territori, i dels sòls com a component fonamental d'este, distribuïdes en tres eixos. Eix 1: estudi dels processos de la desertificació en ambients mediterranis (principalment, erosió, contaminació, salinització, variacions en l'emmagatzematge de carboni i de la biodiversitat edàfica) a través de diferents factors, com a canvis d'usos del sòl, incendis forestals i canvi climàtic. Eix 2: contaminació del mitjà, on s'estudien les fonts de degradació ambiental actuals i la seua possible projecció futura a diferents escales, es realitza l'avaluació dels riscos, i es desenrotllen noves metodologies analítiques per a la detecció simultània de diferents contaminants, els seus metabòlits i la seua petjada en els sistemes aquàtics (incloent la biota). Eix 3: estudi dels sistemes agroecològics mediterranis, la influència de la gestió del sòl i la biodiversitat dels cultius en la prestació de servicis ecosistèmics per a aconseguir una agricultura sostenible.